與多由也一戰(zhàn)鹿丸在編隊(duì)時(shí)充分發(fā)揮了聰明才智，將每個(gè)人放在最適當(dāng)?shù)奈恢谩g
最后，隊(duì)伍分散攻擊，并會(huì)使用幻術(shù)束縛對(duì)手。鹿丸戰(zhàn)斗中再次展示了精彩絕倫的戰(zhàn)術(shù)，并成功用影子抓住了多由也。但是，多由也的力量遠(yuǎn)不止如此，她釋放了咒印狀態(tài)，用力量強(qiáng)行解開(kāi)影子束縛術(shù)。之后鹿丸中了幻術(shù)而不能移動(dòng)，可就在多由也用苦無(wú)刺向鹿丸時(shí)，她停住了。
原來(lái)鹿丸用影子折自己的指頭，用疼痛驅(qū)散幻術(shù)。等多由也一靠近，他又使用忍術(shù)抓住多由也。距離的減少使忍術(shù)束縛更強(qiáng)，并可使用升級(jí)版的影子鎖喉術(shù)。不過(guò)多由也的力量依然強(qiáng)于鹿丸，兩人相持一段時(shí)間后，鹿丸查可拉耗盡，忍術(shù)被解，正當(dāng)這時(shí)，一陣風(fēng)將多由也卷走，援兵居然是手鞠。結(jié)果當(dāng)然是以手鞠的勝利而告終。
……
雖然鹿丸盡了最大的努力，可當(dāng)他回到木葉時(shí)依然很痛苦——不僅是任務(wù)失敗了，而且他的隊(duì)員們也都傷痕累累，有的還面臨死亡，包括他最好的朋友丁次。若不是我愛(ài)羅他們及時(shí)支援，他們大概都會(huì)被音忍消滅掉。
知道這樣的結(jié)局后，鹿丸準(zhǔn)備放棄做忍者，可他卻被手鞠嘲笑為在困難面前低頭的懦夫。他無(wú)可爭(zhēng)辯，正欲離開(kāi)，他父親的話傳入耳畔：“如果你放棄了忍者，那么會(huì)有另外的人帶領(lǐng)你的朋友繼續(xù)任務(wù)，若是一個(gè)差勁的隊(duì)長(zhǎng)，你的朋友也會(huì)死。你只有增強(qiáng)你的能力，才能保護(hù)你的朋友。”當(dāng)?shù)弥笥褌冝D(zhuǎn)危為安時(shí)，鹿丸流下淚水，下定決心成為更優(yōu)秀的忍者。
在這之后的鹿丸的第一次亮相是與手鞠一起出現(xiàn)的。盡管身高長(zhǎng)了不少，可他的模樣沒(méi)太大變化，穿著略有些改變。
他學(xué)會(huì)了新的忍術(shù)，“影縫”，使他可以用影子刺穿多個(gè)敵人。鹿丸第一次展示這個(gè)忍術(shù)是毀壞佐井畫(huà)的獅子。作為中忍，他還要負(fù)責(zé)為中忍考試當(dāng)“志愿者”。
不同于其他角色的是，雖然鹿丸是第一個(gè)當(dāng)上中忍的，兩年半后他仍然是中忍（盡管寧次與砂忍的手鞠、堪九郎已當(dāng)上上忍），鹿丸告訴鳴人，他是參加中忍考試那些人當(dāng)中唯一一個(gè)還未升級(jí)的人了。
……
一次，在鹿丸與阿斯瑪下將棋時(shí)，阿斯瑪告訴鹿丸，如果將木葉忍者比做棋子，鹿丸以他不拘一格的靈活的思考方式，作為威力不大但能跨其他棋子移動(dòng)的桂馬，而阿斯瑪自比為用來(lái)當(dāng)炮灰的成銀。而對(duì)最重要的玉，阿斯瑪賣了個(gè)關(guān)子。
之后，阿斯瑪，鹿丸，出云，子鐵開(kāi)始了追殺“曉”的成員的任務(wù)。他們的目標(biāo)是飛段和角都。一開(kāi)始，他們用團(tuán)隊(duì)合作束縛了飛段，當(dāng)出云、子鐵將劍刺入飛段身體后，他們驚異地發(fā)現(xiàn)飛段是不死之身。角都出現(xiàn)，解開(kāi)影子束縛，再之后阿斯瑪與鹿丸協(xié)同作戰(zhàn)，但阿斯瑪還是被飛段傷了一刀，于是飛段用血進(jìn)行詛咒儀式，即對(duì)飛段的傷害都會(huì)轉(zhuǎn)嫁到阿斯瑪身上。
情況危急，鹿丸再次使用影子束縛，千鈞一發(fā)之際救了阿斯瑪一命。在這種情況下，鹿丸展開(kāi)分析，終于發(fā)現(xiàn)飛段詛咒儀式的一個(gè)弱點(diǎn)——必須在一個(gè)圓圈中進(jìn)行。他于是艱難地將飛段拉出圓圈，接著阿斯瑪一斬，應(yīng)勝利了。可就在此時(shí)，角都再次出手，飛段依然未死。
結(jié)果可想而知，雖然援兵（包括井野和丁次）到達(dá)，阿斯瑪還是因?yàn)椤霸{咒”而死。阿斯瑪在彌留之際，終于講出了誰(shuí)是玉。鹿丸與他老爸下棋時(shí)，終于出真相：“擔(dān)起木葉大梁的孩子們就是“玉”
……
當(dāng)隊(duì)伍回到木葉，鹿丸自己告訴了紅關(guān)于阿斯瑪?shù)乃烙崳谑羌t頓時(shí)不能自已，掩面痛哭。阿斯瑪?shù)脑岫Y，鹿丸并沒(méi)有參加，他只是一個(gè)人躺在草地上望著云，孤獨(dú)的吐著煙。
阿斯瑪?shù)乃栏淖兞寺雇瑁褪沁@次意外，鹿丸開(kāi)始認(rèn)真的面對(duì)每一件事，性格有了一百八十度轉(zhuǎn)變了。這件事導(dǎo)致了鹿丸，丁次，井野三人組走上了復(fù)仇之路，目標(biāo)是殺掉飛段和角都在這之后，鹿丸練習(xí)使用阿斯瑪留下的查克拉刃，使其能融入自己的查克拉，固定影子。他還查閱資料，制定了一套對(duì)付“曉”二人組的戰(zhàn)略。之后，豬鹿蝶組合踏上復(fù)仇之途。
由于旗木卡卡西的加入，鹿丸迅速改變了策略，這令卡卡西都驚嘆不已。他給了卡卡西一個(gè)東西，讓卡卡西適時(shí)使用。（后來(lái)知道是采血膠囊）
在另一方面，飛段和角都動(dòng)身前往木葉。可即便他們非常心，也被井野控制的鳥(niǎo)發(fā)現(xiàn)，于是戰(zhàn)斗開(kāi)始。鹿丸通過(guò)一系列戰(zhàn)術(shù)的使用，成功地用吸收了自己查克拉的查克拉刃定住飛段和角都的影子，使兩人無(wú)法移動(dòng)。
鹿丸用影子模仿術(shù)控制飛段，使其攻擊角都。就在攻擊差點(diǎn)得手的時(shí)候，角都破壞了查克拉刃，從而免于傷害。于是丁次進(jìn)行攻擊，角都用土遁把身體硬化，又安然無(wú)恙。角都開(kāi)始反擊，但是被卡卡西的雷切及時(shí)打中，倒地不起。可是角都只是裝死，在卡卡西接近飛段時(shí)迅速攻擊。
這時(shí)，鹿丸也到極限了，影子束縛解開(kāi)，飛段和角都聯(lián)合攻擊，展現(xiàn)了恐怖的能力——角都背后出來(lái)的怪物居然可以使用多種屬性的查克拉。原來(lái)卡卡西打倒的只是其中一個(gè)怪物，那些怪物是用其他人的經(jīng)脈系統(tǒng)做成的。接著，鹿丸改變策略，決定引開(kāi)兩人分別殲滅。
于是鹿丸再次上陣，成功的抓住飛段，并將他引到遠(yuǎn)處，用起爆符將他與角都隔離。可就在那一瞬間，影子術(shù)到了極限，飛段拔出刀刺向鹿丸，鹿丸倒下，臉上留下一絲血跡，飛段迅速完成儀式，用刀向胸口插去，可受傷的卻是角都。原來(lái)鹿丸使用了卡卡西采集的角都的血液。
與飛段一戰(zhàn)被“詛咒”的只是角都而已。卡卡西告訴角都他們低估了鹿丸，因?yàn)槁雇璨粫?huì)浪費(fèi)阿斯瑪用生命換來(lái)的情報(bào)。
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