虛耗過度的卡卡西，想起了琳、帶土、四代目老師以及他父親……綱手通過通靈獸感知到卡卡西的狀況后，憤怒的擊毀一根柱子……鳴人回到木葉后，因變成仙人狀態可以感覺到大家的查克拉，但沒有感覺到卡卡西的查克拉。rg后鳴人成功感化佩恩的真身——長門，長門運用外道·輪回天生之術使木葉村所有陣亡人復活。卡卡西在精神世界中見到父親后醒來。
綱手在佩恩一戰后仍然昏迷，火之國召開會議推選新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名為火影候選人，并受到火之國大名和高層認可，然而在團藏的影響下，大名任命團藏為六代火影。團藏下達了追捕佐助的命令，鳴人執意反對，卡卡西幫助開導鳴人，并對佐井表示信任。卡卡西、大和與鳴人三人隊暗地離開木葉，途中遇到雷影一行。鳴人跪地懇求無效，卡卡西也幫忙勸未果。
……
“面具男宇智波斑”再次不請自來，被大和用木遁束縛，卡卡西以雷切威脅“斑”出目的。“斑”了一番大道理后以時空轉移離開。我愛羅推薦旗木卡卡西，受到眾影認可。
木葉與鳴人同期的眾人商議由他們解決佐助。櫻作為代表與佐井、李、牙一行找來，向鳴人表達了讓他背負重擔的歉意，鳴人不解其意，櫻憤而離去。佐井分身出現，明真相，向鳴人解釋了櫻的想法。眾人驚訝，卡卡西已猜出大概，櫻想自己去解決佐助。隨后，風影我愛羅一行來到，告知了卡卡西五影會議推薦他為火影之事。卡卡西表示他對火影之名沒有興趣，但既然需要他會擔起這個責任。
找到剛剛殺死團藏的櫻欺騙佐助要背叛木葉加入他的隊伍，佐助開出條件是要櫻動手殺掉香燐。就在櫻準備用毒苦無刺殺佐助時，佐助早已先下手為強想殺害櫻，跟蹤許久的卡卡西飛身救下櫻，并與佐助對戰。卡卡西明白佐助真的墮落了。想到了第七班的過去，他決定自己要背負這個重擔，于是與佐助展開戰斗。
卡卡西指出自己不想殺佐助，并勸導他放棄復仇，但這更加深了佐助的憤怒，使出了須佐之男完體攻擊卡卡西。卡卡西躲避不了便使出神威勉強將須佐的箭轉移到異空間。佐助的眼睛因為過度使用而突然失去了光明，而櫻在身后欲攻擊佐助，然而卻舉棋不定。佐助毫不留情地攻擊了櫻，而卡卡西因為使出了神威導致身體反應遲鈍，已經趕不上去救櫻，幸而鳴人及時趕到使櫻免遭其害。
……
五大忍國與“面具男宇智波斑”之間的戰爭，忍者聯軍八萬忍者集結主要分為五大連隊。第三部隊是中短距離支援部隊，由兼備速度和體力的忍者構成，由旗木卡卡西擔任隊長。卡卡西結束和被穢土轉生復活的霧隱七人眾的戰斗后，與阿凱在“斑”欲吸收鳴人的一瞬間夾擊“斑”，但被“斑”覺并且躲過，但救出了鳴人。在與“斑”的對戰中因不敵“斑”，而與被“斑”召出的尾獸僵持，僵持一段時間后，尾獸集體準備發出尾獸玉攻擊卡卡西與阿凱，危急時刻，卡卡西欲使出神威將尾獸玉轉移，阿凱卻認為尾獸炮過于巨大無法部轉移，欲犧牲自己開八門遁甲的第八門死門來抵擋尾獸炮，最終被鳴人尾獸模式所救，“斑”使用九大尾獸的查克拉復活十尾，忍者聯合軍抵達戰場，在五忍村的接連攻擊下將十尾暫時控制住，此時卡卡西已精疲力盡。此后被鳴人傳輸了九尾的查克拉以后，體力恢復。
鳴人用螺旋丸攻擊帶土，“斑”用宇智波團扇反彈。鳴人使出袖珍尾獸玉向“斑”發動攻擊卻穿身而過。邁特凱的攻擊也是穿身而過。鳴人四人碰不到“斑”之身。一切皆為徒勞
卡卡西趁機用神威試圖擰下外道魔像的腦袋，被“斑”用時空間忍術解除。鳴人等無法對魔像下手，只能先擊敗帶土。卡卡西扔了一只苦無，還是穿身而過，苦無飛向鳴人。苦無被卡卡西用神威傳送走。攻擊結束后，“斑”的面具上多了一道裂痕。卡卡西認為產生裂痕的成因是被傳送到異空間的苦無！卡卡西的神威異空間和“斑”異空間相通！隨后在異空間把“斑”炸傷的螺旋丸證明了這一點。
……
卡卡西質問“斑”：“你是從哪得到那只眼睛的！？”“斑”回答：“硬的話，是在神無毗橋之戰！”卡卡西震驚地準備出面具男的名字。卡卡西用神威將鳴人分身轉移到異空間，“斑”未注意。在異空間中，“斑”的面具被鳴人的影分身用螺旋丸打碎。“斑”的真面目竟然是昔日隊友宇智波帶土。卡卡西十分驚詫，質問帶土為什么走上這樣一條路，帶土冷冷的回答：“我的生死已經無關緊要了如果要問我為什么會活下去的話，也是因為你對琳見死不救！”“我對你已經無話可，剩下的只有這最后的決戰！”隨后真正的宇智波斑也來到眾人面前。
帶土將查克拉變為數十個巨型手里劍扔出，卡卡西發動土遁防御，但被帶土穿過。卡卡西問為什么，帶土閉嘴廢物。砍傷卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威將其吸入異空間。卡卡西懷念少年帶土，承認自己是個廢物：“帶土，對我而言，你一直是個英雄…”。
……
卡卡西神威扭開異空間出來。卡卡西再問帶土為什么會變。帶土轉身跳起用膝蓋重創了卡卡西，用雙十字手里劍戳穿卡卡西胸膛，瞬間血流不止。卡卡西忍痛：“木葉的英雄為什么會走到這個地步”帶土回應：“在這個茍活的忍者世界里，誰都會變成廢物！包括你我！所以我決意要摧毀它，創造一個新的世界！”。
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