大勢已成，朱杰即位已經成為不可逆轉之勢。
面對眾臣擁立，朱杰倒也沒有客氣，沉聲道：“諸位大人，多謝諸位襄助，如今異族入侵，山河破碎、百姓罹難，正是我輩勠力同心，恢復江山，延續國祚之時，朱杰雖然不才，然則也知道國難當前，不容我矯情推脫，奇恥大辱，家恨國仇，我朱杰一肩擔下來了，發誓不恢復山河，誓不為人！”
秦牧風上前一步，低聲道：“大人，這些勛貴還有馬士英，之前一直極力反對您上位，居心不良，依著我的意思，斬草不除根，后患無窮啊！”
“住口！”
朱杰臉色一變，怒聲斥道：“我與馬督師以及諸位勛貴之間，不過是一己私怨，如今國難當前，大家卻是為了公義，如何能夠做親者痛，仇者快的事情！”
秦牧風臉色一愕，不知道該如何是好，擦了，上位之前，咱們還輪番著虐待馬士英呢，現在好了，都要登基了，反而要放他們一馬？這是何道理？想想哪一個皇帝在權力斗爭中，不是血流成河？
朱杰上前一步，看向了馬士英等人，沉聲道：“馬督師，如今可正是我們勠力同心，一雪國恥的時候，不管我們恩怨如何，現在不是我們厘清恩怨的時候，前仇舊恨，一筆勾銷，諸位勛臣同樣如此，自今日起，只要你們不在作奸犯科，不在魚肉百姓，仗勢欺人，我絕對不會尋找事端！”
馬士英與諸位勛貴聞言，心頭稍稍安定一些，如今朱杰登基，已經不可阻擋，愿賭服輸了，只要朱杰不在針對自己這些人，相安無事，那就是邀天之幸了，至于跟皇帝掙權甚至是借機生事，他們還沒有那個膽子！
如今國事艱難，一切儀式從簡，朱杰僅僅是稍作準備，就在眾人的擁戴之下，告祭太廟，舉辦了登基大典，接受了眾臣的跪拜。
新皇登基，正值一年伊始，改好建元元年，行黃帝歷四千三百二十年，尊崇禎皇帝為莊烈帝，廟號烈宗，奉林青兒為皇后。
新皇登基，自然是要加封百官，大赦天下的。
第一件事情就是重組內閣，蔣德璟、孫傳庭、候恂、畢懋康、宋應星入閣輔政，成為新一任的閣相；
第二件事情，就是改革勛爵制度，改公侯伯三級爵位為公侯伯子男五級十五等爵位；
第三件事情，改吏兵戶刑工禮六部，改設吏部、兵部、戶部、工部、刑部、禮部、稅部、商部、監察部、情報部十部制，分掌朝政，蔣德璟作為先帝的輔臣，威望著，而且頗有政績，自然是被公推為內閣首輔了，同時兼任吏部尚書；孫傳庭作為朱杰最為看重的盟友，進身為次輔，兼任兵部尚書，負責**務；候恂當年在戶部之時政績頗佳，是歷年來，朝廷國庫最為豐盈的時候，出任戶部尚書，入內閣辦事；史可法為人剛正耿直，封為監察部尚書，畢懋康起用為工部尚書，高杰出任情報部尚書，李巖為稅部尚書，高弘圖出任商部尚書，楊廷樞出任刑部尚書，錢謙益出任禮部尚書，各部各司其事。
錢謙益不過是用來安撫南京權貴階層的信號而已，如今新君剛剛冊立，將反對的人部打入冷宮，無疑，會引起巨大的紛爭的，朱杰自然沒有那么傻，總也要貼張安民告示吧，除去錢謙益，還有馬士英，同樣也保留了廬鳳總督的位子，只不過，黃得功的廬州鎮卻是不能留給他了，讓他掌握著一鎮的精銳，而且在京畿地帶，未免有些危險。至于各家勛貴們，雖然沒有得到什么菜頭，卻也相安無事，只要能夠保住各自的爵位，依舊是榮華富貴，可以享之不盡的。
不過，最令人驚詫的是，朱杰竟然下旨直接取消了限制勛貴入閣參政的限制，準許勛貴入閣議政，準許勛貴子弟參加科考，勛貴之中，只要有才能者，可以任職地方，處理一方政務，甚至業績突出者，調任中樞，也是可以的，消息一出，朝野一片嘩然，來勛貴們以為要倒大霉了，沒有想到，皇上竟然一張口就給了一個巨大的餡餅啊，可以參與國家機務了，這是皇上天大的恩典啊！當然，有高興的，自然就有憤怒的，文臣們對于皇上如此做法，頗為不滿，好不容易，在朝堂上方才將勛貴給壓制下去了，皇上竟然一開口，就要打破固有的格局，這如何可以？
旨意一出，自然引起了文臣們的反彈，不過，建元皇帝已經下定了決心，哪里還會給文臣們反對的機會？朱杰如今大權在握，對整個朝局控制的死死的，反對無效，再三反對，依舊無效！
不過，這個時候，朱杰卻是又起了另外一個主意，取消所有勛貴的丹書鐵券，一應爵位，每世遞減，一直降到末等男爵為止，也就是從國公，到男爵，一共五級十五等，哪怕是一等國公，十五代之后，也就成為白丁了，沒有了丹書鐵卷的特權，沒有了世襲罔替的爵位，代之而起的卻是可以自由參政，不在設限。
朱杰的意圖很清楚，崇禎與士大夫共天下的思路，從根就是錯誤的，將這些文官集團都給慣壞了，慣得不成樣子了，必須要給他們帶上緊箍咒，這個關鍵的時候，絕對不允許他們給搗亂！同時放開限制，也能夠從勛貴集團之中發現一些人才出來，當然，非但是給勛貴集團解除了限制，連帶著，皇室一族也都部解除限制，但凡皇族子弟，失去爵位者，盡皆可以參加科舉，特么的，不能再白養活這些人了，必須要讓他們自食其力！
朝廷中央樞紐的架構搭建起來了，接下來就是下面各種機構的官員了：裁撤巡撫職務，面恢復承宣布政使司、提刑按察司、都指揮使司、同時加入傳道受業司，各自負責一省政務、監察、軍務與教育，四者各不干涉；黃宗羲出任應天府府尹，專司應天府京畿政務；顧炎武出任浙江布政使，朱舜水出任河南布政使；其余各地官員，除巡撫、兵備道官員回調京師外，個安原職。
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