內(nèi)閣三人組確定下來，六部長官也有了人選，南京朝廷終于開始運(yùn)轉(zhuǎn)。
剛剛成立的朝廷，大明的局勢又如此復(fù)雜，事務(wù)極多，史可法、路振飛、王鐸三個閣老每日忙的連軸轉(zhuǎn)，處理著龐大而繁雜的事務(wù)。崇禎更是徹夜批閱奏折，勤政程度一如以前。
有感于人手不足，大學(xué)士王鐸經(jīng)史可法同意，奏請崇禎要求增加內(nèi)閣成員。五月二十五日，經(jīng)過廷推，禮部尚書錢謙益成了第四個內(nèi)閣成員。王鐸自感資歷威望均不如錢謙益，主動避讓，錢謙益便成了史可法路振飛之后排位第三的閣老。
朝廷新立，各部門缺額嚴(yán)重，接下來的時間，圍繞著各個重要部門的空缺，各個內(nèi)閣成員以及南京一眾官員展開了激烈的人事斗爭。特別是哪些想要在仕途上更進(jìn)一步的官員，想方設(shè)法走著門路，拜門庭拉關(guān)系八仙過海各顯神通。
逐漸的，官員們形成了三個派系，一是以內(nèi)閣首輔史可法為首的清流派，其中成員包括刑部尚書呂大器工部尚書何應(yīng)瑞等人；再就是內(nèi)閣次輔路振飛的淮揚(yáng)系，重要成員就是戶部侍郎王寅，左中允袁可望等人；第三派則是錢謙益為首的東林派，包括閣老王鐸、吏部尚書張慎言，戶部尚書高弘圖等人。
三個派系中，以錢謙益的實(shí)力最強(qiáng)，路振飛的淮揚(yáng)系實(shí)力最弱。畢竟錢謙益是東林黨黨魁，在官紳中威望極高，很多東林黨出身的官員自然而然的向其靠攏。
但因?yàn)樵诟Ｍ踔畞y中，錢謙益首鼠兩端，失分極多，導(dǎo)致了一些持身甚正的官員瞧不上他的為人，而選擇投到了人品正直品格高尚的首輔史可法麾下。
淮揚(yáng)系雖然實(shí)力最弱，但路振飛深受崇禎信任，未來的前景分毫不差。而錢謙益和史可法又都屬于東林黨，兩系的官員原本一家，所以整個朝堂局勢可以說是錯綜復(fù)雜。
不過因?yàn)槌⑿铝ⅲ刑嗟睦婵晒┐蠹夜戏郑源蠹疫�未出現(xiàn)太大的分歧，也就沒有太過激烈的黨爭出現(xiàn)，暫且算得上是一團(tuán)和氣。
現(xiàn)在朝廷最重要的事情有兩個，一個是如何面對北方的強(qiáng)敵，再就是怎么處理涉及到福王之亂的人員。
北方的消息逐漸傳來，在吳三桂的帶路下，滿清大軍入關(guān)，吳三桂和滿清聯(lián)軍在山海關(guān)擊敗了李自成的大順軍。匪首李自成被迫退出了北京，清軍和闖賊如今正在北方進(jìn)行激戰(zhàn)，一時半會兒還不會對南方形成威脅。
針對如何處理吳三桂的問題，朝堂上眾官員分成了兩派，一派認(rèn)為吳三桂以為崇禎殉國，為了替崇禎復(fù)仇，這才借兵剿賊，是大大的忠臣，史可法錢謙益均持此意見。另一派以次輔路振飛為首，認(rèn)為吳三桂引清兵入關(guān)，相當(dāng)于引狼入室，事實(shí)上已經(jīng)背叛了大明，吳三桂此人已經(jīng)不再是大明的臣子，根本指望不得。
朝堂上，兩方針對這個問題展開了激烈的論戰(zhàn)，路振飛勢單力薄，在辯論上根本不是對方的對手。為了支持路振飛，陳越也上了奏折，言之鑿鑿道吳三桂絕對不會再回大明，加入了論戰(zhàn)。
然而，就連崇禎都對吳三桂抱有幻想，認(rèn)為他迫于無奈才借兵剿賊，不是真的背叛大明。在崇禎心里，闖賊要遠(yuǎn)比滿韃更可惡。滿韃只需要些子民財(cái)產(chǎn)就會退兵，而闖賊可是要奪去他的江山的。
北京城破，皇后自盡，三個皇子至今下落不明，這已經(jīng)是崇禎心中永遠(yuǎn)的痛。他恨闖賊恨的痛徹心扉，所以引清兵入關(guān)的吳三桂在崇禎心里一點(diǎn)都不可恨，相反崇禎對吳三桂還有絲絲的欣賞和感激。若是沒有吳三桂借滿韃剿賊，闖賊在北方站穩(wěn)腳跟下一步肯定是出兵南伐，自己又如何能夠安穩(wěn)的坐在南京？
既然吳三桂是忠臣，自然不能寒了忠臣之心，朝廷經(jīng)過商議之后，決定派兵部侍郎左懋第、前總兵陳洪范、兵部值房郎中馬紹渝三人的代表團(tuán)前往北京。
一是向吳三桂宣旨，封其為薊國公，世襲罔替，并發(fā)白銀五萬兩、糧食十萬石犒賞關(guān)寧軍，由太仆寺正卿沈廷揚(yáng)督率船只運(yùn)送。沈廷揚(yáng)曾經(jīng)督率過海路漕糧運(yùn)送，經(jīng)驗(yàn)極為豐富。
使團(tuán)的第二個任務(wù)就是和滿清朝廷商議，商談聯(lián)合剿賊事宜，并試探滿清的底線，看其是打算占據(jù)大明的疆土還是和以前一樣撈一筆就走？看看能否通過談判讓滿清歸還北京，為此付出一些銀兩財(cái)富也不是不可以。
朝廷的第二件大事自然是處理福王之亂善后事宜，福王被抓，一眾從犯相繼落網(wǎng)，是時候給這次叛亂畫個句號。
內(nèi)閣經(jīng)過商議奏請崇禎同意，決定由刑部、大理寺、都察院三個部門共同審理福王叛亂之事，錦衣衛(wèi)衙門負(fù)責(zé)監(jiān)督協(xié)助。蓋因福王之亂影響極大，審理的規(guī)格極高。
其實(shí)福王之亂事情極為簡單，處置起來也不復(fù)雜，福王以莫逆之罪無可辯駁，按照寧王之亂先例，福王朱由崧處死，除福王之藩。
福王之亂主謀馬士英已經(jīng)自盡，其家人男的發(fā)配軍前效力，女的發(fā)教坊司為奴。主謀太監(jiān)盧九德，除以凌遲刑法。
忻城伯趙之龍、誠意伯劉孔昭，參與叛亂之舉，均處死，抄沒家產(chǎn)。
然而在魏國公徐久爵以及其他勛貴的處理上，審案人員發(fā)生了極大分歧。
右都御史李沾堅(jiān)持認(rèn)為徐久爵并未參與福王之亂，平南侯對徐久爵的處置有失公允，應(yīng)該宣判徐久爵無罪。
刑部尚書呂大器卻認(rèn)為徐久爵在福王登基之時選擇了服從，也許其是迫于福王的兵威，但為人臣子者不能效忠君王屈從叛逆，本身就是背叛，再加上徐久爵在平南軍攻城時，響應(yīng)福王號召出錢招募了一些鄉(xiāng)兵，所以其并非無辜。
在福王登基之時，呂大器是少數(shù)沒有選擇屈從之人，所以有底氣說這話，但是在其他官員看來，若是因?yàn)榍捅欢ㄗ铮浅⒋蟛糠止賳T都有罪了，若是選擇了處置徐久爵，他日也可能以同樣的理由處置自己。所以大理寺和都察院的官員都極力反對處置徐久爵。
雙方發(fā)生了極大的分歧，審案陷入了僵持。
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