晉藩的軍隊在耿繼茂屁股后面一路猛追，逼迫其放棄所有的軍需物資和重型裝備，特別是在增江邊，顧榮率領的內河艦隊的一支，僅憑舢板就是突襲了靖南藩打造的浮橋渡口，七座浮橋燒毀了五座，讓三漢藩的渡河能力大為降低，未免全軍覆滅，三漢藩連戰馬都是棄了，讓士兵先渡江前往廣州，晉藩在增江東岸光是戰馬就繳獲了一萬七千多匹。
四月中旬，劉文秀和杜永和兩部合兵三水縣，把兩廣總督李棲鳳部團團圍困，李明勛與李定國親率盟軍抵達了廣州城北，半個月的時間，盟軍在廣州周邊聚集了過八萬精兵，而敵對的三漢藩加兩廣總督部加起來也只有不到六萬人，抗清力量取得了兵力和技術的雙重優勢。
廣州圍城戰暫未開啟，6軍集中重炮支援三水，先打下三水，將盟軍合兵一處，而海軍則與明軍各部水師一起，清理珠江航道，為廣州圍城戰打造成本最低也是最便捷迅的后勤手段。
清軍依舊在反擊，對內河艦隊造成困擾的不再是同樣駕駛槳帆船清軍水兵，而是本地的水鬼和漢藩釋放的火攻船，清軍在漁民之中招募水鬼，重賞之下，不少漁民應募，手持鑿子和錘子的水鬼潛伏在航道中，鑿沉戰船，一艘舢板便是能換五十兩銀子，尚可喜給加列船開出了一千兩的高價，可是柚木打造的加列船不是水鬼可以輕易鑿穿的，但水鬼也造成了很大的損失，黃蜚把擒殺的水鬼不論死活的掛在加列船兩側示眾，還派遣士兵上岸，把水鬼的親屬一股腦全抓了砍頭，血腥震懾住了貪婪，水鬼威脅變小。
而火攻船與海戰中使用的不同，這些由漁船、筏子改造來的火攻船上根本沒有人，裝滿了可燃物點燃順流而下，大部分時候，都無法造成損傷，加列船會用重霰彈擊沉火攻船，而舢板小船要么躲避，要么用長桿推開，倒霉的是臨水而居的本地居民，不少人家的船只、房舍就在河邊，被四處亂行的火攻船點燃不少，惹的民怨沸騰。
對付水鬼時還鐵血無情的黃蜚祭出重賞的法寶，但凡拖拽一艘火攻船到岸邊銷毀，便能領取二十兩的白銀，一時間，珠江主航道里，上百艘民船出沒，等著廣州方向飄出火攻船。
漢藩沒了招數，只能撤退，黃蜚率領內河艦隊北上，直撲獵德炮臺，這座炮臺駐扎了近千清軍，以綠營為主，6戰隊還未出手，獵德炮臺便是投降了，登6的瓊藩水兵一看，炮臺里沒有幾門火炮了，大部分的火炮送往了海珠、海印兩座炮臺，那是廣州下游最后一道防線。
兩座炮臺都是江心島，而且不是沙洲是白堊紀時期的巨石，清軍圍繞海島修筑了城墻，在礁石上布設了炮臺，兩島周邊還有隱藏在水面下的礁石和各類淺灘漩渦，別說風帆戰艦，就連快蟹都輕易靠近不得，平靖二藩分別駐守一座炮臺，勸降是肯定不行了。
6軍出動了工兵參與了進攻，在重炮不能揮威力的情況下，爆破是唯一的道路，最先遭遇攻擊的是海印石上的東水炮臺，工兵趁夜對圍島城墻進行了爆破，因為使用的是繳獲清軍火藥，所以用量充足，不僅炸塌了城墻還把萬歷年間建造的海印閣震塌，大量漢藩兵死于爆炸產生的沖擊波和巨響，就連廣州城中都引起了騷亂，爆炸之后，擲彈兵等上炮臺，把混亂中的清軍殺死。
對海珠石爆破就沒有這么順利了，清軍加強了戒備，但海珠石長不過百米，最寬處也不過五十米，駐扎的士兵不多，各部采取佯攻、爆破等手段連番騷擾，每次都由獵兵出擊狙殺清軍，連攻半個月，清軍死傷過半，又得不到支援，最終被瓊藩的水兵淹沒，與海珠石一起攻破的還有三水縣城，如此，目標只有廣州一城，珠江水道完全對盟軍一方開放。
而徹底取得水上控制權后，各路大軍集結一處，圍攻廣州城，這個時候，瓊藩與合眾國出現了第一次重大分歧。
按照約定，廣州作為晉藩的藩地，晉藩應該是進攻的主力，如今晉藩匯聚在廣州城下的兵力過三萬，也能擔當起主力的責任，顯然，擔當主力就要承擔最大的傷亡，為了避免無謂的傷亡，李定國倡導勸降三漢藩。
李明勛不反對勸降，但在條件上，雙方分歧很大，按照合眾國的法律三漢藩上到藩王，下到普通的藩下兵，全部都是漢奸，其本人和家屬都要受到審判，佐領以上的將軍是必死的，其余也有勞改和流放的懲罰，當然，如果在戰爭中投誠，可贖其罪，普通的士兵只會被抄沒家產罷了。
而對于綠營來說，條件要寬松的多，主動投降就會獲得自由，保全妻小私財。
顯然，這種條件是無法讓三漢藩投降的，李定國的條件就寬泛很多，投降免死保其妻小平安，家財如舊，至于那些漢藩將領，也可以在明軍序列中任職，即便是耿、尚家族，也可以在云貴獲得一片領地，世襲罔替。
晉藩與合眾國的條件差距太大了，好在雙方都不能離開對方單獨收拾三漢藩，因此也沒有撕破臉，最終還是林士章從瓊州府趕來調停，林士章以退為進，不管雙方的條件，直接派人去廣州聯絡，問三漢藩的條件。
尚可喜一開始提出的條件很狂妄，可以投降，奉永歷為天子，宣布向大明效忠，但需要廣東全省作為藩地，當然，也可以宣誓向合眾國效忠，但廣東全省為藩地這個條件是不變的。
三漢藩沒有誠意，那只能打到對方有誠意，盟軍開始攻城，重炮擺在了廣州城的大東門，宋朝時廣州有三城，分別是子城、西城和東城，三座城都有獨立的城墻、護城河，到了明朝，經濟展，人口增多，把中間的城墻全部拆除，三城變一城后還向北大規模的擴張，形成了現在的舊城。
因為泥沙淤積緣故，廣州城的碼頭不斷向南遷移，而商業貿易讓南城區得到了較快的展，成為了廣州城的經濟中心，在嘉靖年間的拓林鎮兵變中，沒有城墻的南城被洗劫，葡萄牙人幫著平定了亂兵，廣州修筑了四四方方的城墻把商業區保護起來，也就是當時人稱呼的新城。
從天空俯瞰，廣州兩城宛若銅鐘一般，城市南面和西面靠近珠江，進攻難以展開，北面城墻則是在依越秀山修筑，也展不開兵力，東面有珠江支流改造的護城河，雖然寬闊，總比西面和南面好多了，唯一適合進攻的就是東北段城墻，這里的護城河有三十五米寬，是最窄的地方了，但東北段外全是當地農戶的水稻田，6軍那動輒三四噸的重炮下了田就是陷入淤泥之中，而大東門外則是原來的校場，地勢平坦，毫無遮掩，最適合攻城炮揮威力。
廣州城墻十一米高，基座寬度同樣是十一米，而頂部寬度過了六米，無愧嶺南雄城之名，這道城墻考驗了6軍重炮營的實力，6軍沒有把握，向海軍求援，海軍利用內河艦隊，一次性就送來了六十門重炮，二十四磅的四十門，其余或是三十二磅，或者是三十六磅的，加上6軍兩個重炮營和一個攻城炮營，一共有一百零八門重炮轟擊，而海軍還把清軍炮臺上那些雜七雜八的紅夷炮運來，將重炮數量提升到了一百五十門，一次齊射就能投射過兩噸的炮彈，別說三漢藩，滿清所有的軍隊都沒有見過如此暴力的火力。
一百五十門火炮分成了三個火炮集群，加農重炮分兩個集群擺在前面，臼炮和紅夷炮則在后方，炮群把目標選定為了廣州舊城，漢藩入粵之后，平靖二藩的王府都在舊城之中，相應的將帥士兵也扎堆于此，舊城約有十四萬人，不是二藩親屬就是依附于二藩的商賈士紳，炮擊他們總歸要比炮擊新城那些無辜商賈百姓要強的多。
兩個加農炮群在六百米的距離直射東北角的城墻，而后面的臼炮則以最大仰角得到的最大射程轟擊舊城內的一切建筑，紅夷大炮也是如此，炮手都是清軍俘虜，讓他們使用的是燒熔彈，各類被燒紅的炮彈飛進舊城，引一場又一場火災，炮擊進行了三天，尚可喜再次派人談判，全省藩地的要求降低到除粵西、香港之外的廣東省，無論晉藩還是合眾國都是不滿意，繼續炮擊。
又是炮擊了兩日，東北城墻已經塌陷，倒塌的城墻土方甚至填充了部分護城河，形成的坡道可以讓士兵直接沖進去，尚可喜的使者第三次來，這一次又把潮州交出去，然而依舊得不到滿意。
晉藩和6軍進行了一次合作佯攻，6軍把三十門二十四磅榴彈炮擺在了前沿，晉藩的跳蕩精兵對東北坍塌段進行了佯攻，漢藩只能動用兵力阻絕，被榴彈和臼炮的炮彈打的七零八落，晉藩來來回回的沖擊，就是不越過護城河，逼著三漢藩站在城墻缺口挨炮擊。
三漢藩的藩下兵確實精強，表現出充足的作戰意志，但在黑火藥與鋼鐵面前，人的意志和**都是無比脆弱的，臼炮和榴彈炮就像巨人手中的鐵錘一般，輪番敲打三漢藩這塊爛鐵，每次敲擊停止之后，就會有悠長的號角聲響起，接下來要么是俘虜組成的填壕隊，要么是扛著竹筏的跳蕩兵，三漢藩的士兵被將領用刀背送上缺口，繼而又是榴彈炮的炮聲和榴彈的爆炸聲。
廣州也有火炮，但是能部署在城墻的也只有佛郎機、的勝炮之類的小炮，那些紅夷大炮看似威武，但在城墻上沒有用武之地，紅夷大炮光是炮身就有三米，加上炮車及支撐結構就有五米，每次后座總會過四米，六米寬的廣州城墻實在是施展不開，而漢藩又不敢駐扎城外，紅夷大炮只能扔在城里吃灰。
漢藩現，守城墻完全是賠本買賣，己方被炸的七零八碎，卻連對手的衣角都摸不著，完全是單方面屠殺，但就此放棄城墻又實在不甘心，尚可喜再次祭出談判法寶，這個時候，他已經知道兩廣已經是晉藩和瓊藩的藩地了，所以他不奢求藩地，只是要求投降之后，可以被永歷天子封王，尚可喜只求蜀王，將四川作為其藩地，而由其自己去奪，這個要求并不算高，可見識到合眾國攻城能力的李定國反倒是不愿意了，其對平藩使者道：“我已經為文秀求蜀王之位，焉能再許之于你，豈不是挑撥我兄弟關系！”
得到消息的尚可喜選擇拼命，他命令士兵退入城內開戰巷戰，廣州城市夠大，東城也有三條二十米寬以上的城內河流，不怕沒有依托，而平藩退了之后，李明勛阻止了晉藩進城，而是選擇徐徐圖之，工兵渡河，對兩側城墻進行爆破，把原本只有百米的缺口擴大到了五百米，在兩側城墻上布置了輕型榴彈炮和6戰隊的小型臼炮以及獵兵、擲彈兵，在缺口處修筑了三個炮壘，布設了十二磅和六磅野戰炮，由于東護城河很寬，又是珠江支流，若是填壕，則會導致大水漫灌，因此6軍動用舟橋營，用四天時間修筑了兩條浮橋和一條重載木橋，如此，盟軍徹底控制了缺口處。
李明勛混編了三支營級部隊展開進攻，把晉藩跳蕩兵、舟橋兵、爆破工兵和擲彈兵混亂其中，并且把炮身只有七十五斤的6戰隊用二十四磅炮、6軍用二十四磅榴彈炮加強給前線部隊，一路拆遷前進，遇到房屋便是用榴彈炮轟擊，然后擲彈兵和跳蕩兵進行掃蕩，一路前進，一路廢墟一殺戮，血腥的城防戰徹底變成了物資消耗戰，用火藥和鋼鐵去換敵人的性命，這是合眾國的一貫追求，如今終于成為現實。
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