之后9月朝廷就升明山東布政司左參政：鐵鉉，為山東左布政使，并改命明山東都指揮使：盛庸，代替明曹國公：李景隆，繼續抵抗燕軍南侵。
12月初8明安陸侯：吳杰、明后軍都督府都督僉事兼北平行都指揮使：平安，防兩人防守定州，明山東都指揮使駐扎在剛剛收復的德州衛，明萬全都指揮使：徐凱，則屯兵在滄州，三方互為掎角。
燕軍首先襲擊滄州擒獲明萬全都指揮使，奪其輜重進逼濟寧衛，明山東都指揮使立即率軍駐扎在東昌府進行攔擊背城列陣，明燕武親王率軍鐵騎直逼山東明軍的左翼，但山東明軍變換陣形臨危不懼。
接著燕軍又沖其中軍，明山東都指揮使很自信的張開隊列放燕軍進來，再用兵收攏層層包圍，燕軍中軍主將：張玉、燕軍北平都指揮僉事：朱能，率領兀良哈三衛騎兵來救，與明燕武親王會合拼死突圍而出。
但燕軍中軍主將卻不知燕親王殿下已被救出，仍在陣中沖殺最終力竭被明軍長矛隊包圍刺落下馬而死，時年58歲！
導致燕軍大敗，許多燕軍被明軍火器所傷，只有明燕武親王以數百名騎兵殿后，才能安然退至山東承宣布政使司館陶縣，可依舊被明山東都指揮使傳令明安陸侯、明北平行都指揮使從真定府抄近路攔截燕軍歸路。
然而待得勝捷報回去朝廷之時，卻遭到了明惠宗的反感與大怒，因為之前自己下令削藩已經逼死了一個十二皇叔明湘獻親王：朱柏，眼下要是在害死四皇叔燕武親王：朱棣，的話那么自己就是千古罪人了！
故此他下了一道詔令去前線，讓圍剿燕軍的明軍們有些懵圈？他的一道圣旨“朕要見到活的叔父押來應天府。”
才因此使得明燕武親王逃過了多次被圍困的劫難，正是明惠宗的這種婦人之仁最終將朝廷推向了深淵。
在明建文三年公元1401年正月由于明軍不敢過多圍攻燕軍，才讓燕軍得以喘息過來，朝廷經過兵部商議不得不重新啟用明兵部左侍郎：齊泰、明翰林院大學士：黃澄，官復原職留朝參政。
緊跟著明安陸侯、明北平行都指揮使兩人在深州之戰中失利，燕軍才得以返回，在這次戰役中燕軍精銳幾乎喪失殆盡，幸虧明山東都指揮使及時趕到打退燕軍聲威大振，明惠宗親自為此祭廟告捷。
3月燕軍又南出保定府，明山東都指揮使則扎營在夾河，被明燕武親王輕率騎兵來探掠陣而過偷襲側營，氣得明山東都指揮使立刻派遣千名騎兵追擊，還反被燕軍射箭擊退。
雙方交戰過后明山東都指揮使軍持盾而進，明燕武親王則命步兵先攻，騎兵則乘機迅速推進，明山東都指揮使大怒親率軍力戰，斬其燕軍北行都指揮同知：譚淵。
而燕軍左軍都指揮使：朱能、燕軍萬全都指揮同知：張武，等部將也率部殊死戰斗，明燕武親王則以輕騎穿越陣地與燕軍左軍都指揮使會合，明山東都指揮使的援軍明山西行都指揮使：莊得、明河南都指揮使：皂旗張，等將領戰死，但是燕軍在這一天內也死傷慘重幾乎大敗。
第二天再戰燕軍在東北，明山東都指揮使在西南，從早晨戰至下午雙方互有勝負，待兩軍都已疲憊之時，將士們各自坐下休息。
隨后又開始交戰，忽然東北風大起，飛塵遮蔽天空，燕軍乘風大喊左右橫擊，打得明山東都指揮使大敗逃回德州衛從此氣沮不已，燕軍山東都指揮僉事：李遠，在沛縣焚毀明軍運糧船只，使得明軍缺乏糧餉不敢輕易出兵。
燕軍才能繼續組織軍隊大規模南下，敗明山東都指揮使于滹沱河，再敗明安陸侯于藁城，朝廷震怒直接讓明兵部左侍郎在外募師勤王。
當時明燕武親王雖多勝但也損失頗重，而朝廷軍源頗廣不必擔心，燕軍在北平行都指揮使司、山東承宣布政使司一帶所攻下的城邑，等軍撤回后又被朝廷軍隊所占據。
5月朝廷遼東明軍又南下圍攻永平府，燕軍山海衛指揮僉事：吳興旺、燕軍撫寧衛指揮使：谷祥，將其擊敗。
當時駐守縣中嵩林莊、高家莊的燕軍與遼東軍對壘八十天，以燕軍開平衛百戶：陳華，陣亡于良兒莊而繼續推進。
11月明遼東總兵：楊文，進攻撫寧衛，結果被燕軍反撲大敗！是月在燕親王府內評論戰守永平府功績，所有軍士官升一級。
同年12月底京畿應天府皇城有內臣自京師送信來北平行都指揮使司告密，讓明燕武親王得知應天府兵力空虛可圖大計，便決計改變戰略轉攻南下。
明建文四年公元1402年正月明燕武親王率師繞開山東承宣布政使司濟南府從東昌府全力南下。
4月燕軍連破明左軍都督府左都督：何福、明北平行都指揮使：平安，兩處明軍橫過河南承宣布政使司汝寧府進入中都留守司鳳陽府地界。
5月朝廷遼東軍又出擊攻打永平府，燕軍撫寧衛指揮使則引兵過小凌河到十八里鋪擊退遼東軍論功官升一級。
就連李氏朝鮮太宗靖安君恭定郡王：李芳遠，以及遼東都指揮使司境內剛剛控制了女真各部落的北方大明建州衛萬戶侯：愛新覺羅孟穆特，也都紛紛歸順明燕武親王，所以在解除了后顧之憂燕軍才敢放心南下。
隨后在中都留守司鳳陽府靈璧縣之戰中由明燕親王世子：朱高熾，率領大軍從后方偷襲明軍糧草，在沖入中軍活捉明北平行都指揮使：平安，唯有明平燕將軍：盛庸，獨自率軍向南在淮水南岸排列戰船。
燕軍中軍都督府都督同知：丘福，偷偷渡過淮河出現在明軍后面，牽制住明軍打得他們力不能支只得退守長江，待燕軍渡過淮水由盱眙州攻打揚州府，明平燕將軍則在**鎮巡司以及浦子口巡司率軍抵御但都失利。
其中明右軍都督府都督僉事：陳蠧，親率水師投降燕軍，讓燕軍乘勢渡江，而明軍們倉促聚集海船出高資港迎戰又敗軍隊潰散。
接著燕軍又攻克了泗州、揚州府、淮安府等地，迫使明惠宗急忙派遣身為明燕武親王表姐的明慶成郡主：朱恭倩，入燕軍大營內談判企圖割地與明燕武親王求和，但是明燕武親王卻不準許。
因為經過這四年的拉鋸戰之后，明燕武親王也分析出了形勢，只要明惠宗在位一天，全國地方軍隊就會抵抗一天，而自己就永遠都是叛王，但如果一旦攻占了應天府皇城趕走了明惠宗，那么自己就可以成為一國之君，相信也沒有多少人敢反對？
因為大家都是觀望的態度，才讓燕軍順利的一路南下，當時的建文朝廷中早就已經亂作一團，很多地方將領按兵不動隔岸觀火
6月11日燕軍前鋒成功渡河下鎮江縣，直逼應天府皇城而來，明谷宣親王：朱橞，與明曹國公：李景隆，被迫打開金川門投降至此皇城徹底淪陷。
待明燕武親王：朱棣，進入皇宮之后看見宮中燃起熊熊大火，宮女與宦官們四處奔跑，放眼望去整個皇宮無一人敢抵抗，而明惠宗則下落不明？
周圍各地方上的承宣布政使司衙門幾乎沒有任何官員敢站出來反對，在這種情況下明燕武親王開始放心大膽的坐在龍位上宣告廢除建文四年年號，改為洪武三十五年并表示自己是繼承了，父皇明太祖吳王洪武高皇帝的帝位而不是侄子明惠宗建文讓皇帝的帝位，并把明惠宗的二皇子：朱文圭，關在廣安宮內。
至此想要登基的明燕武親王就讓明翰林院博士：方孝孺，幫忙起草即位詔書，他卻悲切哀慟的撲倒在地放聲哭泣聲響傳遍奉天殿大殿的臺上臺下。
明燕武親王走下臥榻臺階慰問他說“先生不要自取憂苦，孤王只是打算仿效周公輔佐成王的之意。”
誰知明翰林院博士聽后卻問道“周成王在哪里？”
明燕武親王道“他而死。”
明翰林院博士又問道“那為何不立成王之子？”
明燕武親王回答道“國家有賴于成年的君王。”
接著明翰林院博士開口道“那為何不立成王的弟弟？”
明燕武親王立馬答道“這是我們朱家的事，先生未免管的太多了吧？”說完就回頭示意左右侍者授予方孝孺紙筆，并說道“詔示天下，非得由先生您來親自起草不可。”
不成想明翰林院博士直接把筆扔到地上，邊哭邊罵道“死就死吧！此等詔書老夫絕不能起草。”
此舉直接激怒了明燕武親王，他下令將明翰林院博士推出去宣武門車裂于菜市口，還讓南北鎮撫司錦衣衛隊抓捕方家十族斬首。
7月17日朝中內外無人反對的情況下，明燕武親王開始在奉天殿內登基加冕，又去太廟祭祀稱帝，改次年為永樂史稱明太宗他還下令大力搜索明兵部尚書：齊泰、明翰林院大學士：黃子澄，等建文朝臣五十余人，還廢除了建文年間所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢復祖訓。
明永樂元年公元1403年，明太宗：朱棣，下令安撫被明惠宗削藩以及受靖難之役影響的藩王們以穩定國內局勢，還表示自己和皇侄子明惠宗不同，先后恢復了明周定親王：朱橚、明代簡親王：朱桂、明岷莊親王：朱楩，等諸親王舊封。
其中明惠宗的皇三弟明吳悼親王：朱允熥、皇四弟明衡憨親王：朱允熞、皇五弟明徐簡親王：朱允熙，三人尚未就藩就被明太宗給降封為郡王明廣澤郡王：朱允熥、明懷恩郡王：朱允熞、明敷惠郡王：朱允熙并以不能匡正明惠宗為由廢除三位郡王為庶人，軟禁明廣澤郡王與明懷恩郡王兩人于中都留守司鳳陽府英武衛，僅留明敷惠郡王一人獨自奉祀明懿文皇太子靈位。
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