崇禎接下來的事情很多，首先要做的事情是祭拜孝陵，崇禎在孝陵前痛哭流涕，向明太祖請罪，再次正式下了一道罪己詔。祭拜過孝陵之后，就正式以大儀仗進(jìn)入皇宮，并在奉天殿登基，不過不需要登基大典，他本來就是皇帝，只要正式宣布，京城從北京搬到南京就好了，然后正式在南京的龍椅上坐下。
之后比較頭疼的是人事安排，崇禎南下，帶回來的文官只有史可法、孫傳庭、路振飛等寥寥幾人，加上反正的錢謙益，從家中來投奔的盧象升等人之外，文官就沒幾個人了，內(nèi)閣和六部都組不全，更不要說下面的各司了。
之前福王登基時候用的那些官員，目前頭上還戴著從逆罪名，需要經(jīng)過審訊和審判，確定沒有從逆的才能用。
盧九德是太監(jiān)，自然不能交給三司會審了，而是直接交給司禮秉筆太監(jiān)、東廠廠督王承恩和陪伴了崇禎多年的司禮監(jiān)掌印太監(jiān)曹化淳處理。
曹化淳和王承恩經(jīng)過了統(tǒng)一意見之后，直接令人把盧九德拖出去亂棍打死。
另外一個太監(jiān)犯了罪的太監(jiān)韓贊周，好容易留下了一條命，但是所有家產(chǎn)被抄家充公，并被趕去鳳陽打掃皇陵。
對于朝中官員和勛貴的審判，交由三司會審，勛貴之首魏國公徐久爵，因?yàn)椴皇菑哪嬷鞣�，而且是被馬士英、趙之龍等人脅迫，被迫從逆，所以只是削去魏國公爵位，魏國公一族廢為庶民，抄沒全部家產(chǎn)，包括國公府、府內(nèi)所有金銀財(cái)寶，還有魏國公名下的田產(chǎn)、店鋪、作坊、賭場等全部沒收充公，家人也全部廢為庶民，從此不再有魏國公勛爵。
偽忻城侯趙之龍和偽誠意侯劉孔昭全部削去爵位，鑒于兩人已經(jīng)逃走，家人全部下獄，抄沒全部家產(chǎn)，經(jīng)過三司會審，趙之龍和劉孔昭九族之內(nèi)十六歲以上男丁全部問斬，十六歲以下男丁充入奴籍，流放瓊州，女眷充入教坊司。
偽鄭國公常延齡，削去鄭國公勛爵，因?yàn)槌Ｑ育g是被脅迫從逆，并無多少罪行，因此從懷遠(yuǎn)侯降為懷遠(yuǎn)伯，沒收半數(shù)家產(chǎn)。
馬士英已死，抄沒家產(chǎn)，三族家中十六歲以上男丁問斬，十六歲以下男丁充入奴籍，流放瓊州，女眷充入教坊司。
這時候有言官站出來彈劾李國棟，說他縱容手下人，私自接走犯官馬士英女兒，使二女逃避懲罰。
李國棟反駁道：“李某早已奏報(bào)陛下，此二女賞給李某麾下有功之將為妾，那兩員將領(lǐng)都是流賊出身。若是張御史覺得，把女兒給流賊出身的武夫?yàn)殒�不算懲罰的話，那御史您也可以把你的女兒給我們的有功之將為妾。”
“粗鄙武夫！厚顏無恥！”那御史被氣得滿臉通紅，讓他女兒給一名流賊出身的武將為妾，那真是敗壞了士子的名聲。
偽弘光朝大學(xué)生王鐸，原本是崇禎朝老臣，因?yàn)楸幻{迫從逆，所以只是削去官職，罰沒半數(shù)家產(chǎn)。
偽弘光朝禮部尚書姜日廣，削去官職，抄沒全部家產(chǎn)。
其余的各從逆之人，都得到了相應(yīng)的懲罰，沒有從逆的官員被放了出來，但還沒有官復(fù)原職，而是等待朝廷安排，再授予相應(yīng)的官職，可能有些人會升官，有些人降職，目前南京人手不足，需要先把六部的框架搭起來，再逐一安排。六部框架搭起來之后，下面的官員由各部尚書和侍郎來推薦。
三司會審結(jié)束之后，該殺的殺，該流放的流放，該撤職的撤職，幾千顆人頭落地，福王馬士英謀逆案總算宣告結(jié)束。
在張書恒調(diào)查朱由樞、馬士英謀逆案期間，南京和南京周圍不少士紳也被錦衣衛(wèi)抄了家，借口都是從逆。這其中大部分人是無辜的，經(jīng)過三司會審之后釋放，但是他們已經(jīng)被錦衣衛(wèi)刮走了大量銀子。
接下來就是對內(nèi)閣的任命，史可法被任命為兵部尚書、東閣大學(xué)士，內(nèi)閣首輔錢謙益被任命為武英殿大學(xué)士，吏部尚書，內(nèi)閣次輔盧象升被任命為左都御史，文淵殿大學(xué)士，內(nèi)閣次輔。這樣內(nèi)閣就組建起來了。接下來是六部，張慎言為禮部尚書，從監(jiān)獄里釋放出來的何應(yīng)瑞官復(fù)原職，擔(dān)任工部尚書，李國棟推薦了孫元化的長子孫和鼎為工部左侍郎，宋應(yīng)星為工部右侍郎，孫和鼎和宋應(yīng)星都是實(shí)干的科學(xué)家，任命他們?yōu)楣げ孔笥沂汤捎欣诖竺骺萍嫉奶嵘?br />
雖然李國棟推薦了兩個只有舉人功名的人擔(dān)任侍郎，遭到很多官員反對，但是崇禎頂著壓力給準(zhǔn)了，內(nèi)閣的錢謙益和路振飛也通過了。
路振飛擔(dān)任戶部尚書，立下大功的方以智和張煌言都以舉人身份擔(dān)任了兵部左右侍郎。
高宏圖被從監(jiān)獄釋放之后，撤銷原吏部尚書一職，降級為光祿寺卿，
李國棟考慮到孫傳庭的鐵面無私，推薦他為刑部尚書。
戶部尚書職務(wù)，由呂大器擔(dān)任。
劉宗周從監(jiān)獄釋放之后，為太常寺卿，楊廷麟為大理寺卿，還有其他從監(jiān)獄放出來的無罪官員，也給了相應(yīng)的職務(wù)。
最后李國棟站出來：“陛下，既然史閣老已經(jīng)升為內(nèi)閣首輔，還請陛下撤去史閣老兩淮督師一職，臣愿當(dāng)然兩淮督師，駐守?fù)P州、淮安，替朝廷阻攔建奴大軍！”
“豈有此理！”內(nèi)閣首輔史可法氣得臉色大變，“爾乃武將，豈可擔(dān)任督師？督師只能是文官！”
“史閣老，李某堂堂一國公，難道就沒有資格擔(dān)任督師？”李國棟反駁道。
“楚國公，你手握重兵，豈可擔(dān)任督師？這不合祖制！”史可法堅(jiān)決不同意。
這時候，錢謙益站了出來：“陛下，請封楚國公為大將軍，任大將軍者，可為督師�！�
大將軍雖然也是武職，可是地位就高過文官了。之前封的公侯伯之類的勛爵，只是榮譽(yù)的象征，并無實(shí)權(quán)。雖然勛貴地位不輸給文官，但文官看不起勛貴。但是大將軍是實(shí)打?qū)嵉膶?shí)權(quán)，甚至可先斬后奏四品以下文官！
“無恥之徒！”
“沒想到牧齋公竟然如此無恥！”
“就是啊，看到楚國公得寵，居然像條狗一樣巴結(jié)！沒想到啊沒想到，牧齋公為東林領(lǐng)袖，卻是這樣一個人！”
文官們議論紛紛。
群臣紛紛反對，馬上就有御史站出來，先是彈劾錢謙益，然后請陛下萬萬不可封李國棟為大將軍。
錢謙益道：“可以不封楚國公為大將軍，但是試問袞袞諸公，又有誰能駐守兩淮，擋住建奴和流寇南下？”
“史某愿去揚(yáng)州阻敵！”史可法道。
“史閣老，你還是內(nèi)閣首輔，豈能離開京城？”錢謙益冷笑道。
“若是建奴入侵，史某這個內(nèi)閣首輔寧可不當(dāng)了！”史可法義正辭嚴(yán)的說道。
李國棟笑道：“史閣老，您還是別去揚(yáng)州了，您若是去了揚(yáng)州，不僅您要白白送了一條性命，反而要害死揚(yáng)州八十萬百姓！對付建奴，李某比你在行�！�
史可法氣得臉色通紅，脖子粗脹：“楚國公，你為何就這樣肯定史某守不住揚(yáng)州？”
你當(dāng)然守不住了，史閣老，打仗你是庸才，揚(yáng)州十日，也有你的責(zé)任。李國棟心里暗道，但是他嘴巴上卻不能這樣說，而是反問道：“史閣老，若是建奴以八十萬大軍，攜數(shù)百紅夷大炮來攻揚(yáng)州，你要如何守城？”
“一派胡言！建奴哪里來的八十萬大軍？”史可法冷哼一聲。
“怎么沒有？北方官軍和賊軍紛紛投了建奴，建奴現(xiàn)在不止一個八旗了，還新建了綠營，收編了各路降將，目前建奴綠營已經(jīng)有三十多萬人馬了，若是再收編了更多降將降兵，兵力達(dá)到八十萬還不是輕而易舉？”
八十萬這個數(shù)字，確實(shí)嚇倒了很多人，就連史可法都嚇了一大跳。但他還是很堅(jiān)定很自信的回道：“只要史某堅(jiān)守不出，不要說八十萬，建奴來一百萬也休想攻克揚(yáng)州！”
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