將德川家康和石田三成這兩個心腹之患請出大坂后，照理說，秀保總算是可以靜下心來處理政務了，但事實卻并非如此。
經歷此番大戰，秀保已然開始在日本慢慢確立起了統治地位。在軍事上，秀保依靠自身實力和安插在各地的盟友保持著絕對的優勢在政治上，他以秀賴后見的名義把持著豐臣政權的中樞，也是不可撼動在經濟上，他憑借龐大的石高和對勘合貿易的壟斷，已經將豐臣宗家和其他大名遠遠甩在身后。
可就是在這樣的形勢下，大坂內外還是時不時地傳出一些雜音，這主要還是在于秀保徹底廢除了大老奉行制度。事實上，秀保當初和前田利政、宇喜多秀家、淺野長政說的比較模糊，只是明確廢除了大老奉行聯席會議，但還是保留了上述三人大老、奉行的職務，一定意義上仍讓大老奉行制度茍存下去。但隨著形勢對秀保逐漸有利，且為了排除宇喜多秀家這個“不確定因素”對自己的威脅，他心中一橫，索性徹底廢除了這個延續了近三年的制度。取而代之地，是秀保和家臣精心炮制的“七司九曹十二所制”。
回溯鐮倉幕府和室町幕府乃至豐臣政權的展歷程，對最高掌權者取而代之的，往往是其初期最為依仗和信賴的力量：源賴朝的妻族北條氏以“執權”之職總攬幕府大權為足利尊氏建立幕府立下赫赫大功的“三管四職”卻以“應仁之亂”為室町幕府敲響了喪鐘豐臣秀吉在世時低眉順眼、恭恭敬敬的大老奉行們，轉眼間就成了吃人的猛虎，將豐臣氏的天下撕個粉碎。
為了避免重蹈覆轍，秀保必須制定出一個全然不同以往的嶄新制度。
“可以有權，但不能專權。”席間藤堂高虎的一句話點醒了秀保：如今形勢大好，為何不效仿大洋彼岸的大明，一舉強化中央集權呢？經過多個晝夜的商討謀劃，參考歷史上中日兩國的展歷程，結合日本當前實際，秀保最終一錘定音，“七司九曹制”應運而生。
七司，作為豐臣政權名義上最高的行政機構，源于五奉行職能的分解細化，由強力大名居住伏見擔任最高長官“司判”，主要包括以下七部分：
武衛司：豐臣政權的最高軍事機關，負責全國范圍內軍隊的征調
布政司：豐臣政權的最高民政機關，負責全國范圍內的民政事務，最主要的是各地代官的任免，大名家中家老變動的批準，以及后續即將推進的科舉諸事宜
都察司：豐臣政權的最高司法機關，主管全國刑罰政令及審核刑名
度支司：掌管全國土地、賦稅、俸祿、糧餉、財政收支
秉禮司：掌管寺社祭祀、陵寢之禮樂及制造典守事宜，負責與皇室對接
營繕司：掌管全國工程事務，各地城池修繕普請皆需按規定向其報請批準
勘合司：掌管海外貿易，由秀保直接委派大名兼任。
九曹，作為秀保直屬的政策執行傳達機構，類似漢代丞相府中的曹屬，直接聽命于秀保，負責將七司的決策和建議遞交給秀保進行最終決斷，擁有對七司政策的指導權和建議權，多由秀保譜代家臣擔任最高長官“曹掾”。雖說名義上只是秀保的私人機構，但實則成為壓制和削弱七司的重要力量。主要包括以下九部分：
兵曹：又稱東曹，軍勢征調的最終審核和報批，大名麾下軍勢規模摸排和督查，對接武衛司
吏曹：又稱西曹，各地代官、大名家老變動的最終審核和報批，對接布政司
市曹：負責全國各地市井治安的維持有專屬軍勢，大名城下町建設的最終審核和報批，對接布政司
刑曹：刑法政令的最終審核和報批，對接都察司
戶曹：戶籍、軍需的最終審核和報批，對接度支司
稅曹：稅收征繳入庫、政策制定的最終審核和報批，對接度支司
奏曹：主掌與皇室、寺社對接，與“武家傳奏”關系緊密，對接秉禮司
工曹：各地工程建設、城池普請的最終審核和報批，對接營繕司
監曹：對各地代官、大名行為的監督和記錄，對行為不端、意圖不軌者及時上報并采取措施，不對接所司，具體人員構成不明。
綜上可知，七司制度是對之前大老奉行制度的繼承，地位名義上也與之前大致相當，而九曹皆為秀保直屬，雖獨立于豐臣政權之外，卻擁有最終的決定權。個中深意不言而喻，就是要將豐臣宗家掌握的權力進一步向大和豐臣氏轉移，避免再次生強力大名占據中央，挾天子以令諸侯的情況生。
基于這一目的，秀保確定了批司判和曹掾的人選：
武衛司：加藤清正布政司：前田利政都察司：宇喜多秀家度支司：淺野長政秉禮司：片桐且元營繕司：池田輝政勘合司：后藤基次。
兵曹：島清興吏曹：藤堂高虎市曹：那須資吉刑曹：福島高吉戶曹：小笠原忠請稅曹：桑山一晴奏曹：長束正家工曹：武田勝親監曹：淺井秀政。
除此之外，為更好地將中樞的政策落實到各地，同時避免七司專權瞞報，秀保還在七司之下6續設置了賦別、安堵、官途、寺社、普請、鍛錢、貢舉、檢使、目付、護衛、造營、宿驛等十二所，選取心腹家臣及親近大名家中宿老重臣擔任奉行，負責政策的切實執行，并將執行情況及時向七司和九曹反饋。
如此一來，取代大老奉行制的“七司九曹十二所”制度在秀保的強壓下，于會津之戰的第二年，即慶長六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好領內事務進駐伏見城辦公，十二奉行也在隨后的三個月中6續趕來伏見，接受秀保的任命和安排。
有人說，“七司九曹十二所”是對豐臣秀吉制度的推翻重來，是秀保強化自身權力的一項強有力的舉措也有人說秀保還是顧及了豐臣宗家的顏面，七司判中除了后藤基次，皆為受過太閣恩典的大名，且十二所仍以“奉行”為，也算是變相保留了“奉行”之職，對宗家和尾張派也算是有所交代。
可事實上，此處的十二奉行與當初總攬中樞大權、動輒可以調動千軍萬馬的五奉行相比，實在不值一提，奉行的職責也從主動地決策指揮變成了被動地執行。
不僅如此，名義上七司取代了大老奉行的地位，成為新的決策機構，但在九曹和十二所的壓制和牽制下，他們的權力遭到很大地限制和削弱。特別是隨著秀保在各地勢力的不斷深入和鞏固，九曹的權力大大增強，秀保一手扶植的十二所也對七司陽奉陰違，從接受七司的命令逐步轉變為接受秀保的直接領導。
因此，后期七司權力逐漸萎縮，職能也由決策機構變成了咨詢機構，近乎成了可有可無的存在，不少司判自覺駐留伏見無可作為，便向秀保申請返回領地，致使七司時常出現空缺，這更是加了七司的衰落，助推秀保勢力的壯大。中途，雖有片桐且元等人堅持維護七司的權威，但無奈大勢已去，最終難有起色。
當然，這些都是后話了，至少在“七司九曹十二所”剛成立時，不論是豐臣宗家還是各地大名大都還是認可的，畢竟有前車之鑒，誰也不希望再出現一個能左右國家政策、架空宗家的機構出現，將權力進行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情況下不得已而為之。鮮有人意識到，這個制度的背后，是秀保權力的進一步膨脹，昔日五大老、五奉行掌握的決策權，正潛移默化地轉移到秀保一人手中，與此同時，他身后的暗流似乎也更加洶涌了。
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