也許是上天庇佑，恰如后花山天皇所料，經過后續治療，病情竟稍有好轉。于是他于開源十年1632年正月，命秀保為攝政，適時尋覓宗室過繼為嗣。
這是自藤原良房貞觀八年866年正式稱攝政后，時隔近八百年再一次由皇室宗親擔任攝政，名義上與擔任關白的豐臣秀賴一并主持朝局，排擠以攝關家為首的公卿，公卿僅存的權力和地位也受到擠壓。
自攝關家以下，包括清華家、大臣家、羽林家、名家、半家，由以上各家組成的門第被稱為公家，各家的當主也按照門第給予相應的官職。
其實自會津之戰后，秀保就開始延續秀吉時代的做法，給予譜代和強力外樣大名“清華成”即“武家清華家”的家格，等同公家的“清華家”家格，完善武家與公家的對等體系。
且慶長十八年1613年菊亭晴季以清華家家格擔任關白開始，秀保就在有意打亂公家內部的等級秩序，進而削弱公家的勢力和地位。
幕府成立后，更是通過拉攏、威壓、聯姻等手段強化與公卿的聯系，將公家與幕府捆綁。
特別是“大坂之陣”結束后，秀保更是將武家大名強行提拔入公卿的行列，雖然還停留在較低級的“名家”“半家”，但趨勢已經不可避免。
三月中，藤氏長者、右大臣近衛信尋后陽成天皇四子、后花山天皇之侄，近衛信尹養子，大納言一條兼遐后陽成天皇六子、后花山天皇之侄，一條內基養子，九條家當主九條忠榮等不堪伏見宮及幕府威壓，意圖擁立后陽成天皇七子、后花山天皇子之侄高松宮好仁親王為皇太子，并爭取了部分公家支持。
但好仁親王本就只想做個太平王爺，暗中也與滿仁、秀賴等交好，加之畏懼伏見宮威勢，因此，表面上對于公卿們的擁立表示贊賞，暗地里卻密報伏見宮，秀保遂與諸子及重臣商議行動。
四月初六，好仁親王以商談要務為由將一干公卿召至高松殿，隨即賢仁、清仁親王率領親衛趕到，以密謀弒君、擅決廢立等罪名進行逮捕。
這些公卿哪曾見過這種陣勢，慌忙四散，近衛信尋甚至倉惶躲進內殿，也被賢仁親王帶領兵士進去捉拿有少許嘗試反抗者，則被清仁親王就地格殺，一時間高松殿內刀光劍影、哀嚎遍野。
好仁親王見此情景，既慶幸又害怕，不用他人言語，他次日便宣布于仁和寺出家，也就是后來的明覺法親王。
秀保則奏請后花山天皇，特賜法院號，稱常德院。同時，責令后陽成天皇另一子政仁親王于南禪寺出家，是為憲良法親王。自此，后陽成一脈再無踐祚可能。
五日后的六條河原上，近衛信尋、九條忠榮等十八名公家貴胄被斬首，一條兼遐等九十余人被流放各地。這場變故因發生在四月別稱“卯月”，被稱為“卯月之變”。
至此，公家根基被徹底摧毀，秀保也以攝政的名義對公家進行改革，史稱“公家整治”。
在此之前，經過近千年的發展，藤原氏通過聯姻、過繼等手段，借助“二神約諾神話”，即天孫降臨之時，藤原氏祖神天兒屋根命受天照大神之命隨邇邇藝尊下國時，天照大神與天兒屋根命定下諾言，以后者為太神宮輔佐第一神之事，近乎壟斷了公家。
在六大公家家格中，尤以壟斷太政大臣和關白的攝關家和清華家為尊。
攝關家包括近衛、九條、鷹司、二條、一條五家，皆是藤原北家御堂流，其中鷹司是近衛分支，二條、一條是九條分支，因此以近衛、九條為尊。
清華家包括三條、西園寺、德大寺、久我、花山院、大炊御門、今出川七家，其中三條、西園寺、德大寺是藤原北家閑院流，花山院、大炊御門是藤原北家師實流御堂流分支，久我是村上源氏，祖上源師房是藤原師通養子，與藤原北家御堂流關系緊密今出川是西園寺分支，因此排在末位。
所謂二神約諾神話，實際上是十一世紀中期，因由攝關家輔弼皇室之現實而誕生的，藤原氏借助神話的再構建，對自身的通知合法性進行強調。秀保此番改革，重點就是削弱上述兩大家格公家的正統性，進而將這個寄生在皇室之上的權門徹底剝離出去。
首先便是例數歷代藤原氏對皇權的蔑視和架空，指責其違背祖神之承諾緊接著便以參與此次謀反為由，將朱器臺盤藤氏長者的信物、藤氏長者印、渡莊券文攝關家所領之地券等器物和攝關家的正邸東三條殿從近衛家接管過來。
不僅如此，還直接將近衛、九條、二條、一條貶為民籍，但對未參與謀反的鷹司氏網開一面，仍準予保留攝關家格，并且貶為民籍的公家成員中來自鷹司氏的也可以復歸，但位次上只能排在末位
隨后，令近衛經季復歸今出川氏，仍為太政大臣，提拔今出川氏為攝關家格，并由今出川經季接任藤氏長者，位在鷹司氏之前。
同年，出于控制地方的考慮，秀保與菊姬之三子孝仁親王、與菊亭持子之子晴仁親王臣籍降下。
前者改回原名豐臣秀孝，封地降至北大和新莊十五萬石，晉位中納言，承襲大和豐臣氏
后者改回原名豐臣秀晴，封地降至和泉岸和田十二萬石，晉位權大納言，并賜予攝關家格，成為秀保一族在公家的代言人。
此外，紀伊豐臣氏、尾張豐臣氏豐臣秀房接受豐臣本姓，但婉拒更改苗字，仍使用其祖父三好苗字也被納入攝關家。排名來看，依次是紀伊豐臣氏、大和豐臣氏、尾張豐臣氏、今出川菊亭氏、鷹司氏。
至于清華家，出自御堂流的花山院、大炊御門都受到牽連，劃入重新設置的名臣家舊大臣家、羽林家、名家、半家打亂后重現設置大臣家和名臣家
久我氏代表的村上源氏，在戰國時期曾一度把握源氏長者的稱號，對秀保奪取之事多有不滿，因秀保代表的河內清和源氏自視正統，便索性將其貶為民籍
三條、西園寺、德大寺三家，經今出川一族求情，除了三條以外，西園寺也得以保留家格但位居末位，德大寺則貶為大臣家。
增補的清華家包括如下五家：
毛利氏，秀保之孫，原為大江朝臣，豐臣朝臣賜下
蒲生氏，秀保親家，原為藤原朝臣，豐臣朝臣賜下
前田氏，地方強藩，菅原朝臣
結城氏，秀保親家，原為藤原朝臣，豐臣朝臣賜下
京極氏，秀賴親家，中宮京極常子之娘家，原為宇多源氏，豐臣朝臣賜下。
其實，皇籍奉還后，秀保便開始將秀吉時期濫賜的豐臣姓和羽柴氏全部收回，僅賜予少數確有血緣或姻親關系的大名。
因此，將毛利、京極三家納入清華家并下賜豐臣氏，算是對其地位的重新確認。而給予前田、蒲生、結城三家與力大名清華家格，多是考慮其對幕府頒布的教令比較順從，特別是對“永寧雙令”的執行較為徹底。
經此“公家整治”，伏見宮確立了對公家的主導權，公武合體也進一步加深，可以說，秀保已然站上了權力的頂峰，就連當年“此世即吾世，如月滿無缺”的藤原道長也難望其項背，且這一切都是源于自己無可比擬的勢力，而非憑借所謂外戚，更是讓人無法置喙。
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