王在晉出任遼東經(jīng)略后，先帶人視察了關(guān)外形勢，然后給朱由校寫了一封奏折，要求在山海關(guān)外八里的位置重新修一座城，也叫重城，用來抵御后金。
而這時隨王在晉出關(guān)的幕僚袁崇煥則直接向首輔方從哲上書，認(rèn)為王在晉的筑城策略有問題，應(yīng)該在寧遠筑城，在奏折中他放出豪言：“給我兵馬錢糧，一人獨守此！”方從哲將兩人奏折呈上，請皇帝定奪。
朱由校先看了兩人奏折，王在晉認(rèn)為遼東耗費太多，這樣下去會將國家財政拖垮，所以最好是將遼民遷入內(nèi)地，這樣會大大減少消耗。袁崇煥則認(rèn)為在寧遠筑城，布置從山海關(guān)到寧遠的防線，再可以從寧遠一直筑城到后金所占的遼東，用城將后金困死。
不過朱由校對袁崇煥的那句豪言倒是有些看法，給你兵馬錢糧，那算什么獨守？意思是功勞歸你一個人嗎？然后就是用城將后金困死，那要多少錢呀，親你知道嗎？
他先將徐光啟找來，問了一下遼東歷年所用經(jīng)費，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，從萬歷四十六年閏四月起至泰昌元年九月止共發(fā)過一千五十一萬五千七百二十三兩（明實錄）。
兩年多時間花了這么多錢，而據(jù)徐光啟所說，朝廷今年的財政收入還不到五百萬兩。
朱由校詢問徐光啟的看法，徐光啟遲疑一會道：”王經(jīng)略之前任職為總理遼東戶、兵、工三部侍郎，專門管理遼餉事宜。“
朱由校心里有了底，徐光啟也認(rèn)可王在晉的策略。第二天朝會上，他將兩人奏折交給大臣們討論，不料大臣們大多以不了解情況為由，不發(fā)表自己的意見，倒是讓朱由校高看了一眼，不過他仔細(xì)想了一想，也明白了，上次熊王之爭讓大家都有些害怕了，生怕自己支持的人最后出問題，即使不牽連到自己，也會影響到皇帝對自己的看法，好一群明哲保身的君子。
這時，孫承宗出列，表示愿意去遼東親自視察，看誰的方案更符合實際。朱由校本來已經(jīng)決定要用王在晉的方案，但既然孫閣老自己要去，當(dāng)然不好打擊他的積極性。
今天還有更重要的事，就是西南策略問題。在解圍CD后，秦良玉和魯欽攻克二郎關(guān)、佛圖關(guān)后，會合了南坪關(guān)的白桿兵，收復(fù)了重慶，殺死賊將張彤。然后又收復(fù)紅崖墩、觀音寺、青山墩等賊軍重要據(jù)點，一直攻到永寧，奢崇明兵敗逃往水西，天啟元年十二月，秦良玉徹底平定奢崇明四川之亂。
平亂后，朱燮元秦良玉魯欽等人都上了奏折，從奢崇明叛亂的起因，過程到最后的處理方案，都提出了自己的看法。三人一致認(rèn)為，奢崇明叛亂，固然有其野心膨脹的原因，但當(dāng)?shù)毓賳T對土司盤剝過甚，卻是引起叛亂的最重要的原因。
至于事后的處理，三人倒都認(rèn)為應(yīng)該改土歸流，只是具體作法有些分歧。朱燮元和秦良玉認(rèn)為應(yīng)該以安撫為主，保留土司的部分權(quán)力然后設(shè)置流官。而魯欽則認(rèn)為應(yīng)該將參與叛亂的土司全部殺死，然后設(shè)置流官，這樣才能長治久安。
朱由校將三人奏折先交給內(nèi)閣討論，大家都對魯欽的方案嗤之以鼻，認(rèn)為大明一直以仁義待邊民，講究仁恕之道，怎么能夠殺光土司呢？
朱由校其實很支持魯欽的看法，因為他想到了后世的民族政策，如果摧毀了土人的上層建筑，那下層土民就會好管得多，一味的仁義，只會助力那些人的囂張氣焰。
于是他將奏折在早朝上讓眾大臣一起討論，結(jié)果大多數(shù)人都認(rèn)為朝廷應(yīng)該行仁義之舉，只有幾個大臣認(rèn)為應(yīng)該對參與叛亂的土司們給些懲罰，以儆效尤。
這時卻有個刑部郎中的看法與眾不同，他站出來說道：“陛下，微臣覺得，如果寬恕了那些土司，不啻與鼓勵別的土司造反，所以絕對不可以如此。臣認(rèn)為所有參與了叛亂的土司都應(yīng)該殺死，并將其抄家滅族，將其家產(chǎn)收歸朝廷，對沒有參與叛亂的土司給予一定的嘉獎，這樣才會讓他們明白以后應(yīng)該如何作才對。”
朱由校大喜，就將這個叫洪承疇的刑部郎中提升為刑部員處郎，任命其為欽差大臣，賜他尚方劍，前往永寧處理改土歸流事宜。并命周遇吉帶一個炮兵營和一個輜重營隨洪承疇前住，因為奢崇明雖然基本打殘了，但安邦彥可還跳得很歡呢。
洪承疇動身之前，朱由校召見了他。兩人就官吏盤剝和降而復(fù)叛這兩件事進行了深入探討，朱由校認(rèn)為，只有死了的叛亂者才是好的叛亂者，當(dāng)然殺完他們后也要殺幾個貪官來取信于當(dāng)?shù)赝寥耍屢院蟮牧鞴僦劳寥艘膊皇悄茈S便剝削的。并讓洪承疇帶口諭給四川巡撫，要他準(zhǔn)備好流官，等洪承疇清理完后迅速安排下去，將永寧安撫好。
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