就在朱由榔厲兵秣馬，全力整編磨合水師的同時，清遠城攻防戰已經轟轟烈烈的打了近一月，剛入城時，嶺南三忠在江口設置木柵預備著李成棟的攻擊，義民首領之一霍師連則率舟師堵截正在向清遠推進的李成棟部。
嶺南三忠原本認為清軍不善水戰，所以水師幾乎全部出戰，力求在北江上直接將清軍打退，但這一次三忠失算了，他們遇到了水戰專家施福，施福部五千水兵曾是鄭芝龍手中號稱大明最為精銳的水師。
明軍義師不論是裝備還是戰斗技巧都差了施福部水師一籌，外加輕敵，以致最后大敗，水師統領霍師連戰死，三四千水師部隊幾乎全軍覆沒。
江口一戰使得義軍水師大敗虧輸，施福指揮水兵將江口木柵一舉燒光，然后順利抵達了清遠城下，水師戰敗，嶺南三忠收集殘部，退入城中固守，幾天之后，李成棟親自帶領陸師副將張月、馬寶等包圍清遠，面對來勢兇猛的清軍，嶺南三忠以陳邦彥為首，充分發揮了模范帶頭作用，全身披甲，手執刀劍立在城頭，始終堅持在戰斗的第一線，晝夜登城防守，親自坐鎮督戰并組織每一輪的攻勢。使得清軍每次沖鋒都會帶來不的傷亡。
義勇是無餉無糧的，都是為了抗虜自愿從軍的義民百姓，不過軍隊戰力的維持離不開糧食，義軍人數一兩萬，幾乎全靠募捐或者義民自帶糧食，軍中十分缺糧，陳邦彥、張家玉、陳子壯等義軍首領自起兵后，每日只吃一頓飯，夜不安枕，與將士同甘共苦，在清軍圍城期間，為彌補守城兵力的不足，清遠城內十五歲以上、六十歲以下的漢兒，全部編入守城部隊中。在陳邦彥的命令下，太原城內所有的房屋墻壁全部打通，便于義軍在城中的調動，因為缺糧缺水，城內無論軍民，都實行嚴格的糧食和飲水配給。全城軍民萬眾一心，同仇敵愾，誓與韃子抗爭到底。所以清兵攻勢雖猛，清遠城頭的‘明’字方樣牙旗卻一直屹立著。
李成棟麾下老卒都是關中大漢，人人披甲，善打硬仗、狠仗而著稱。不過就是如此強悍的軍隊，在他奮力指揮攻打下竟一連強攻了八天也沒能攻入城內，明軍大部分船只雖然被燒毀了，城外的幾處炮臺也被己方占領，但那可惡的清遠城門就是打不進去。
其炮火不可謂不猛烈，不過城中的義軍也不是吃干飯的，清遠城樓是用磚木筑成，一旦被清軍的火炮擊中，就會發生局部崩塌，義軍開始時，每當城樓受損后就立即加以修復，后來，一名義民建議陳邦彥用城中居民的棉被和裝滿糟糠的麻袋一層層地鋪到敵樓上，當清軍的炮彈打在這些麻袋上時，沖擊力可以明顯減輕。陳邦彥令守軍試之，效果極好，這樣一來，就大大減輕了清軍火炮的攻擊力。
火炮奈何不得清遠城墻，李成棟又想了別的辦法，比如將原來的攻城木樓作了改進，將其加到略高于清遠的城墻，利用車輪直接運送到城下，這樣一來，清兵就可以直接沿著木樓上城。然而，義軍用火油直接潑下，再從城頭丟下火把，將清軍這些攻城木樓燒毀。
半個月內李成棟用了好幾種攻城戰法，都沒有奏效，他惱羞成怒之下，向城中的陳邦彥送出了一封信，信中聲明陳邦彥的兩個兒子和尹、虞尹與妻子何氏現在在自己的手上，限陳邦彥必須三日內解散手中的義師，投降大清，否則的話，家人的安全必將無法得到保全。
拿到李成棟的這封信后，陳邦彥沒有立即寫信答復，一些請不要傷害我的家人或再給我一時間考慮之類的話，讀完此信的他只是沉默了片刻，就拿起了桌上的筆在信的末尾寫上了幾個字，然后送入中軍廳給其他義軍首領傳覽一遍，眾人看完不由肅然起敬，釋疑后，陳邦彥便打發李成棟的使者回去復命了。
得知陳邦彥并未單獨回信，更不曾向使者詢問自己家屬的境況，李成棟感到很奇怪：陳邦彥是個冷血動物嗎？竟然對自己的妻兒沒有表露一絲的關切之情！強烈的疑惑和好奇促使著李成棟急不可待想要知道陳邦彥在那封信的末尾寫了些什么。
于是他立刻拆開了信封但見一行大字映入眼簾：“妾辱之，子殺之，身為死臣，義不私妻子也！”
原來此人自從起兵以來就沒有打算活下去！對于一個將自己的一切都交給黎民社稷的人，李成棟十分清楚家屬妻兒早已成為了他們的身外之物。無情未必真豪杰，憐子如何不丈夫！但是古往今來又有幾個人能夠為了天下間的所有百姓，為了和自己并不相干的人親手斬斷身上親情的羈絆？
李成棟對陳邦彥的這種決心深感敬佩，所以他最終沒有為難陳邦彥的妻兒。
攻城戰依然在繼續，隨著清軍圍城的時間越來越長后，糧食水源日見減少，缺糧缺水的情況越來越嚴重。
清遠城四周，淪陷區內老百姓從偷偷出城的義軍口中得知城中的情形后，紛紛給城中偷送糧食，李成棟得到軍報，驚怒異常，于是就在清遠城四周布置游騎，斬殺送糧的百姓，殺了就把人頭掛上，企圖借此嚇唬百姓，讓他們望而卻步，事實上，百姓們并沒有被嚇住，三忠及其義軍的堅持抗韃給了他們翻身的希望，白里清軍圍的嚴，入不了城，他們就趁著黑夜，人背肩扛，毛驢馱著去給城中的軍民送糧，零零散散的，積少成多，使城中缺糧缺水的情況暫時得到了緩解。
ps：歷史上的陳邦彥算不上明臣，不過是個秀才，卻才華橫溢，意氣豪邁，具有文武之才。曾上書弘光皇帝，陳述三十二事，乃是治國安天下的妙策，可以挽大廈之將傾。弘光皇帝哪有那個心思？當廢紙丟在了一邊，陳邦彥壯志難申。隆武時，隆武皇帝讀罷三十二事拍案叫絕，正是當時治國要務。可惜隆武處處受制于鄭芝龍，傀儡皇帝一個，只能眼睜睜的看著大明疆土一片片淪陷，卻無計可施。
明永歷元年，清順治四年，永歷皇帝朱由榔被清軍李成棟部圍與桂林，陳邦彥聯合陳子壯，張家玉等人，起兵攻廣州，以圍魏救趙之計，逼李成棟回援。桂林最后雖解圍，陳邦彥卻不幸兵敗被執，慘遭凌遲，其子皆戰死殉國。
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