足利義昭認(rèn)為上杉家擁兵占據(jù)大半東國地區(qū)，其麾下家臣郎黨也驍勇善戰(zhàn)，擔(dān)任上杉家家宰的藤原朝定更是“久懷異志”，若是繼續(xù)放縱下去，很有可能會(huì)對(duì)幕府不利。隨后，足利義昭便不聽織田信長、淺井長政、等有力大名、幕臣們的勸告，在剝奪上杉謙信、藤原朝定、宇佐美定滿、柿崎景家、上杉景滿等人的役職以及大封與上杉家為敵的大名之后仍然不打算收手，令藏匿于東海道的上杉融尊（上杉富朝次男，上杉規(guī)富之弟，宅間上杉，鶴岡八幡宮凈國院僧）、上杉尊純（上杉富朝三男，上杉規(guī)富之弟，宅間上杉，鶴岡八幡宮凈國院僧）、上杉吉次（深谷上杉，上杉氏憲之弟，上杉憲盛三男）等人出仕堀越公方，并且將上杉融尊替換謙信擔(dān)任關(guān)東管領(lǐng)，上杉尊純?nèi)蚊鼮殛P(guān)東管領(lǐng)代，上杉吉次任命為下總守護(hù)。希望堀越公方家、深谷上杉家、武田家、小田原伊勢家等與上杉家為敵的勢力能夠遏制上杉家的發(fā)展，盡可能的將上杉家蠶食鯨吞。
但是，足利義昭并沒有料到一場針對(duì)他的危機(jī)正朝著他迅速襲來。
織田信長在永祿四年初，奉將軍足利義昭上洛時(shí)，迅速擊潰了三好三人眾方的軍勢，掃蕩他們?cè)谏匠菄⒑觾?nèi)國、攝津國等地的領(lǐng)地，迫使三好三人眾與三好康長等人敗逃回阿波國、讃岐國等地。因此，三好三人眾與三好康長、篠原長房等三好方勢力便趁著織田信長、淺井長政等人離開京都返回各自的居城之時(shí)，于永祿四年，二月五日，糾集原美濃守護(hù)齋藤龍興及其舊臣長井道利（原齋藤義龍側(cè)近、原齋藤義龍家老、原美濃守護(hù)代、齋藤龍興后見役、齋藤道三養(yǎng)子、原金山城城主）、長井道勝（長井道利長子）、深澤定政（原齋藤義龍旗本眾）、福光賴國（原齋藤義龍旗本眾）等人，以藥師寺貞春（和泉國人領(lǐng)主，原三好家攝津眾）為先陣對(duì)暫時(shí)居住在本圀寺（本國寺，日蓮宗大本山，山號(hào)“大光山”）的足利義昭發(fā)起攻擊。
三好軍從和泉國登陸之后，在二月七日先攻落倒向織田·足利家一方的家原城，城將雀部治兵衛(wèi)、寺町左近將監(jiān)等人因寡不敵眾戰(zhàn)死，城兵陣亡達(dá)二百余人。三好軍隨后獲勝后連夜進(jìn)襲，在二月九日夜里接近足利義昭所居住的本圀寺。當(dāng)時(shí)留駐在本圀寺的共有明智光秀、細(xì)川藤賢、三淵藤英、織田左近、野村越中守、津田左馬丞以及出身若狹國的知名勇士山縣源內(nèi)跟宇野彌七等人。足利義昭在得知三好三人眾率軍來襲后只好令細(xì)川藤賢、三淵藤英鎮(zhèn)守本圀寺的總門，野村越中守在杜門警備。高槻城城將赤座永兼、森彌五八郎、坂井與右衛(wèi)門等人也在日夜間率先前來救援，進(jìn)入本圀寺內(nèi)協(xié)防，足利義昭同時(shí)迅速派出使者向四方有力武將求援。
三好軍在包圍本圀寺后，三好長逸與三好政康率三千余軍勢進(jìn)攻本圀寺北面，巖成友通率領(lǐng)一千五百余軍勢進(jìn)攻本圀寺的西側(cè)，三好康長率領(lǐng)三千余軍勢進(jìn)攻東側(cè)。同時(shí)，三好軍各部也在本圀寺的外圍四處放火，本圀寺內(nèi)的守軍也一度開門與三好長逸部進(jìn)行交鋒。藥師寺貞春作為三好方的先陣曾數(shù)次沖擊本圀寺的守軍，就連山縣源內(nèi)與宇野彌七也奮戰(zhàn)至力盡，先后死在三好軍的長槍之下。三好軍幾乎攻入寺內(nèi)，盡管局面相當(dāng)混亂，本圀寺的守軍還曾利用弓箭或鐵炮，一輪擊斃敵軍三十余人，戰(zhàn)斗過程非常激烈，鐵炮的聲音幾乎震動(dòng)京都大部分地區(qū)，但是經(jīng)過了幾回反復(fù)的交戰(zhàn)，雙方都未見勝敗。三好方只好寢反了高槻城城主入江春景，派遣三好政勝與三好長勝率軍進(jìn)入高槻城，試圖牽制池田勝正與伊丹親興等京畿有力武將，使得他們無法成功率軍救援本圀寺。
二月八日，在得知三好軍進(jìn)攻本圀寺的三好義繼隨即率領(lǐng)三千余軍勢進(jìn)行救援。同時(shí)，織田·足利方勢力的細(xì)川藤孝、荒木村重、池田勝正、伊丹親興等國人領(lǐng)主們迅速云集，池田勝正、伊丹親興等人雖然被妨礙，但是卻另取小路與三好義繼等人的軍勢合流，三好義繼等人試圖從后方進(jìn)迫桂川畔的三好軍本陣，三好義繼等人分成三陣，池田勝正與伊丹親興自西進(jìn)攻，三好義繼自南進(jìn)攻，本圀寺守軍由北邊進(jìn)攻。但是，三好三人眾一方也將兵力一分為二，三好長逸與三好政康持續(xù)進(jìn)攻本圀寺，三好康長與巖成友通則率軍前往桂川跟三好義繼等人交戰(zhàn)，并順利擊退三好義繼與池田勝正這兩路軍勢，池田勝正無奈之下只好退守池田城，三好義繼則被迫轉(zhuǎn)往洛西山收攏殘部，在大戰(zhàn)中甚至有三好義繼被討死的傳聞。
三好義繼、池田勝正等部雖然被三好三人眾一方擊退后，但是細(xì)川藤孝部依然在繼續(xù)奮戰(zhàn)著，而伊丹親興則直撲三好長逸與三好政康所在的三好軍本陣。雙方展開激戰(zhàn)后，伊丹軍陣戰(zhàn)死達(dá)百余人，但是伊丹親興依然奮戰(zhàn)不懈，本圀寺的守軍在細(xì)川藤賢、三淵藤英等人的率領(lǐng)下主動(dòng)開門出戰(zhàn)救援伊丹親興，雙方里應(yīng)外合下順利擊潰了三好軍的本陣，三好長逸與三好政康被迫退往伏見、鳥羽一帶，三好軍被討死達(dá)兩千七百余人。細(xì)川藤孝、伊丹親興、池田勝正跟荒木村重在戰(zhàn)勝之后，合流進(jìn)入本圀寺。
雖然三好軍只是暫時(shí)戰(zhàn)敗，但是三好長逸等人則擔(dān)憂戰(zhàn)事曠日費(fèi)時(shí)，擔(dān)心織田信長、淺井長政等有力大名即將率軍來援，因此將軍勢分布在淀城、八幡、伏見等要地進(jìn)行防備。伊丹親興戰(zhàn)后因負(fù)傷而屯居在勝龍寺城，細(xì)川藤賢等人則回歸本圀寺持續(xù)防備，三好義繼與細(xì)川藤孝、池田勝正也在二月九日陸續(xù)進(jìn)入勝龍寺城。
獲得急使通報(bào)本圀寺遭到襲擊的織田信長，為了救援足利義昭，只好在二月八日率軍在雪中兼程而行，把本來需耗三天的行程縮短至兩日，麾下軍勢甚至凍死多人，最后信長率十?dāng)?shù)騎先行進(jìn)入京都，隨后而至的織田軍，總數(shù)達(dá)到了六千余，因?yàn)榭椞镄砰L原先有準(zhǔn)備攻打南伊勢意圖將忠于國司北畠氏的豪族盡數(shù)攻滅，因此在岐阜城附近有集結(jié)一定數(shù)量的軍勢。織田信長在獲知三好軍進(jìn)攻本圀寺時(shí)，他便只好暫時(shí)中止對(duì)南伊勢的侵攻，轉(zhuǎn)往京畿前去救援足利義昭。
織田信長進(jìn)入京都后除了獎(jiǎng)賞此戰(zhàn)有功人士池田勝正、伊丹親興等人，在十五日還將戰(zhàn)況通報(bào)毛利家、大友家等遠(yuǎn)國大名，同時(shí)織田信長感覺本圀寺守備力不足，在足利義昭的要求下著手另行建造二條城作為御所給他居住。
而另一方面，原相模國豪族岡野（田中、扳部岡）家則逆勢而行，岡野英明率一族郎黨百余人前去投奔其舊主小田原伊勢家。
為何岡野英明會(huì)在相模一國豪族大都倒向上杉家之際而前往足柄下郡投奔舊主小田原伊勢家呢？其原因是先前岡野一族的滴流扳部岡江雪（融成，田中融成，岡野融成）出仕后北條家擔(dān)任后北條家奉行眾筆頭一職，導(dǎo)致了岡野一族在相模的領(lǐng)地盡數(shù)被沒收，之前伊豆的領(lǐng)地也被武田家所侵占，故而為了生計(jì)和復(fù)仇，岡野英明只好帶著一族郎黨出仕小田原伊勢家，相當(dāng)于變相出仕武田家。
不僅如此，石卷天用院（北條氏康外交僧/使僧，石卷康宗三男）、上野孫左衛(wèi)門（伊豆代官）、松田康光（松田憲秀之弟，三家老眾）、大和晴親（評(píng)定眾）、石上彌次郎（御家中眾）、大藤新兵衛(wèi)（足輕眾）、加藤四郎左衛(wèi)門（足輕眾）、玉井帶刀左衛(wèi)門（有力被官、足輕眾）、大谷彥次郎（足輕眾）、鏡野越前守（他國眾）等藏匿在關(guān)東各地原后北條家重臣以及關(guān)東各國不愿出仕上杉家的浪人們也都先后出仕伊勢氏隆、堀越公方，妄圖奪回相模一國的控制權(quán)，使后北條家再興。
這些人主動(dòng)投奔堀越公方和小田原伊勢家也不是看不清大勢，而是朝定奪回關(guān)東八國大部分控制權(quán)后所實(shí)行的政策與后北條家占據(jù)時(shí)期截然不同。
先前后北條家確保了所占領(lǐng)地區(qū)的神社、寺院（泰平寺、松岡山東慶寺、箱根權(quán)現(xiàn)）領(lǐng)有一部分知行，并且給予部分守護(hù)不入的特權(quán)。自從朝定奪回武藏、相模等舊領(lǐng)后直接廢除了守護(hù)不入，將大部分寺院、神社的領(lǐng)地沒收，損害了不少國人領(lǐng)主和地頭武士們的利益。就來之前出仕后北條家并且擔(dān)任重要職務(wù)的豪族和地頭武士們，朝定直接下令將他們的家貲、領(lǐng)地盡數(shù)沒收，罪孽深重的還被流放至南陸奧、佐渡等偏遠(yuǎn)地區(qū)。
原先由鐮倉公方（關(guān)東公方）轄下的大寺廟“鐮倉五山”（位于關(guān)東，與京都五山享有同等地位的五座寺廟，建長寺、圓覺寺、壽富寺、凈智寺和凈妙寺）在朝定攻略相模國的大部后將鐮倉五山的控制權(quán)收為上杉家所有，而朝定所擁立的關(guān)東公方今川氏真僅擁有鐮倉一帶一千石的知行地。
石卷天用院等后北條家舊臣出仕伊勢氏隆后，使得小田原伊勢家在屢戰(zhàn)屢敗、士氣低落的現(xiàn)狀得到了很大的改善，伊勢氏隆瞬間又有了與上杉家大戰(zhàn)一場的底氣。
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