崇禎皇帝怒，命禮部進錢千秋卷，閱畢責錢謙益，錢謙益引罪。崇禎皇帝嘆曰：“微溫體仁，朕幾誤！”遂叱章允儒”挾私多欲，結黨營私”，王永光給章允儒求情，說他只是一時失言崇禎帝斥責王永光道：“糊涂，章允儒挾私多欲，卿等難道看不出么？”崇禎帝遂將章允儒下錦衣衛獄，罷官削籍。
崇禎皇帝思索片刻后，又擬了一道旨意：“錢謙益關節有據，結黨營私，祖宗成法，朕不敢違，著革職查辦，速將錢千秋逮捕歸案，命法司嚴審！”
崇禎皇帝掃了一眼群臣道：“卿等因為如何？”群臣們道：“請皇上息怒，會推閣臣本是件好事，如今反倒處分錢謙益，恐怕與會推事有些不便！”崇禎皇帝怒道：“朕命輔臣們群推閣臣，對愛卿們何等信任，如今反倒推出錢謙益這樣的人！”
看崇禎皇帝余怒未消，群臣們不敢再多言，崇禎皇帝道：“皇祖朝閣中也就一員，如今雖然天下不安，韓爌任首輔，有二、三員也就夠了，會推這件事暫時停了，不用再報名單了。”
群臣們都保持沉默，無助溫體仁者，獨周延儒奏曰：“會推名雖公，主持者止一二人，余皆不敢言，即言，徒取禍耳。且千秋事有成案，不必復問諸臣。”崇禎皇帝贊許的望了周延儒一眼，宣布退朝。
章允儒及給事中瞿式耜、御史房可壯等，皆坐錢謙益黨，降謫有差御史毛九華劾溫體仁居家時，以抑買商人木，為商人所訴，賂崔呈秀以免。又困杭州建逆祠，作詩頌魏忠賢。崇禎皇帝命浙江巡撫核實御史任贊化亦劾溫體仁娶娼、受金，奪人產諸不法事。崇禎皇帝怒其語褻，貶一秩調外。溫體仁乞罷，因言：“比為錢謙益故，排擊臣者百出。而無一人左袒臣，臣之孤立可見。”
崇禎皇帝再召內閣九卿質之，溫體仁與毛九華、任贊化詰辯良久，言二人皆錢謙益死黨。崇禎皇帝心以為然，獨召大學士韓爌等于內殿，諭諸臣不憂國，惟挾私相攻，當重繩以法。溫體仁復力求去以要崇禎皇帝，崇禎皇帝優詔慰答焉。已，給事中祖重曄、南京給事中錢允鯨、南京御史沈希詔相繼論溫體仁熱中會推，劫言者以黨，崇禎皇帝皆不聽。
法司上錢千秋獄，言錢謙益自發在前，不宜坐。崇禎皇帝詔令再勘。溫體仁復疏言獄詞皆出錢謙益手。刑部尚書喬允升一怒之下，召集大理寺卿康新民，太仆寺卿蔣允儀，府丞魏光緒，給事中陶崇道，御史吳甡、樊尚璟、劉廷佐等人共同審理錢千秋案，又請了二十多名各部的官員旁觀，更允許群眾參觀整個審理過程。
自天啟元年科舉案發后，到如今的崇禎元年，已過去了七、八年的時間，錢千秋一直沒有回浙江，留在京城靠著教書維持生計如今已是“老態龍鐘”、疾病纏身的錢千秋，那里還得看出來當年也是個“意氣風放”的風流才子，此番被錦衣衛奉旨逮拿在案，錢千秋早就嚇得渾身發抖，面色慘白。
可是讓錢千秋更加感到懼怕的還在后面，上了大堂，他放眼望去，皆是衣冠禽獸，在京師呆久了，錢千秋也能分辨出這些官的大小，那個領頭的居然是穿著緋袍，補子上繡著仙鶴，赫然是位一品大員，還有眾多二品、三品的大官……等等;錢千秋腦袋一陣發暈，自己這是犯了什么大案了，居然要這么多大官公開審理
就在錢千秋還在發暈的時侯，刑部尚書喬允升一拍驚堂木，喝道：“錢千秋，你速把天啟元年的那件科舉案從速招來！”錢千秋聽到是那件科舉弊案，反倒放心了，于是將當年的情形一五一十地說了出來。
原來明代的科舉，因為中了舉以后，可謂“名利雙收”因此各種針對科舉的舞弊手段是“層出不窮”這其中就有專門賄賂考官、泄露考題、打通各個關節的團隊當時只是個秀才的錢千秋，多年來一直沒有考取舉人，又不愿意中途放棄科舉之路，這次又來到杭州參加會試說起來，也算錢千秋倒霉，他正好遇到徐時敏、金保元兩個騙子，他們謊稱是主考官錢謙益的門生，只要掏出二千兩銀子，就可以讓錢千秋中舉，錢千秋本來也是半信半疑，可是聽說中舉后才收錢，也就欣然同意，雙方于是立下字據為憑。
徐時敏、金保元還“煞有其事”的讓錢千秋將“一朝平步上青云”書寫在每段文章的結尾，如此一來，主考官錢謙益看到，就會將其錄取了錢千秋等到發榜之日，發現自己真的中了，做了“夢寐以求”的舉人老爺，還以為徐時敏、金保元真的起了作用等那股興奮勁過去，錢千秋仔細看卷子，發現錢謙益只取了第五名，另外一位考官反倒取了第三名，他才知道被徐時敏、金保元欺騙了。
錢千秋于是拒絕付銀子給徐時敏、金保元，徐時敏、金保元那肯與他善罷甘休，拿出字據揚言要揭發他，錢千秋抱著息事寧人的想法，湊了幾百兩銀子給徐時敏、金保元，徐時敏、金保元收了銀子，仍然不肯放過他，錢千秋在家鄉呆不下去，于是到京城來避禍，沒想到徐時敏、金保元竟然也跑到京城來追債，一時間，這件事鬧得“沸沸揚揚”。
當時，吏部按照歷年慣例，抽取浙江的試卷進行復查，此程序也稱做磨勘，負責此事的官員看了錢千秋的卷子后，也發現有問題，于是將這起作弊案揭發出來刑部聞聽此案，立即將錢千秋、金保元、徐時敏一干人犯捉拿在案，經過審訊后發現金保元、徐時敏與錢謙益并無瓜葛，純屬詐騙錢千秋錢財。
刑部最后結案陳詞為：錢千秋革去舉人功名、發配邊疆，金保元、徐時敏因為當時已死在獄中，不再追索，錢謙益作為科舉主考官，只顧著游山玩水，吟詩作賦，負有失察之過，予以罰俸三月的處分，因為此案，錢謙益先是上疏自劾，后來又被魏忠賢指使言官顧其仁將其彈劾回籍。
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