階級壓迫和宗教迫害雙重利刃被加在島原百姓頭上，他們無路可走，被迫鋌而走險。
修道士角藏、教徒三吉全家死引起了更大的憤怒，十月二十日，島原有馬村爆發一揆，林兵右衛門家中被憤怒的農民沖進，當場打死，上千名暴民攻占藩武器庫，團團包圍住了松倉氏的本城島原城。
十月二十七日，在天草時貞帶領下，天草群島也爆發土一揆，與島原義軍遙相呼應，大量信奉天主教的浪人和武士開始加入。
至此轟轟烈烈的島原之亂拉開了帷幕。
天草群島乃是肥前國唐津的譜代大名大久保氏的飛地，唐津藩的代官三宅重利領兵鎮壓暴亂，卻于十一月十四日被天草一揆打敗，身首異處。天草一揆進而包圍了富岡城。
得知島原叛亂，十二月十日，幕府急調兩萬重兵前往圍剿，這時島原兩處義軍已經合二為一，他們殺死原城城主小島五兵衛，擊斃了惡貫滿盈的松倉家家老，退守原城。
義軍便以原城為基地，在城頭豎起了十字架和“萬物為一體，尊卑無區別”的大旗。
原城本為廢城，但城墻土壘尚屬堅固，義軍據城而守，成功打退幕府兩次進攻，第三次攻城時，幕府將領板倉重昌身中流彈而死，幕府軍大敗。
雖然起義軍取得了前期的勝利，但是前景不容樂觀。
起義軍全部是農民，而且其中有三分之二是婦女、小孩和老人，北九州地區是天主教傳播的中心區域，戰國后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，這些人在大殉教后都被迫潛伏了下來，趁著這次動亂再度抬頭。
參加起義的島原、天草農民共三萬七千余人，其中有戰斗力的只有一萬三千余人，其狀況與大明的流寇相仿。天草四郎自知獨木難支，不但寫信給長崎的荷蘭人求援，還寫信給羅馬天主教廷梵蒂岡，請求支援。
正當天草四郎積極備戰，應對幕府更大規模進攻時。
一六三七年十二月二十日，天草四郎迎來了一位特殊的客人，也是他盼望已久的人。
“陳桑，天草對您可是翹首以盼呀，快快請坐。”天草四郎熱情地招呼道。
“天草君，我給你介紹一下，這位是我的長官谷秀全先生，同時也是一位教友�！标愊壬榻B的正是天策軍軍事調查局局長谷秀全。
說谷秀全是天主教徒，完全是瞎掰，他只不過是因為工作需要從湯若望那里學了點皮毛而已。
這位陳先生原名陳應宗，確實是一位天主教徒，他是在平戶被軍事調查局發展的外圍成員，專門為了執行此項特殊任務而來的，所以精通日語。
經過半年多的特訓，陳應宗于崇禎十一年七月至九月已經多次拜訪過天草四郎，親眼見證了天草四郎從名不見經傳，到逐漸聲名遠播的過程。
陳應宗驚異于軍事調查局的遠見卓識，竟然將目光投向一個年僅十六歲的少年，而這位少年僅用了幾個月的工夫就躥升到義軍的精神領袖。
天草四郎之所以如此熱情地盼望陳應宗的到來，是因為陳應宗依照軍事調查局的命令，已經向天草四郎提供了一百支三七式步槍和三門三七式火炮，及一部分彈藥，這些武器彈藥在對抗幕府軍隊的過程中，其發揮的作用有目共睹。
其實這些武器只是起到樣品的作用，讓義軍熟悉使用，贈送這些武器的名義是教友的饋贈，但是這些武器價值不菲，如果后期還有需要那就必須購買了。
現在天草四郎經過幾次戰爭，已經獲得了不少金銀，所以他早就盼望著陳應宗的到來。
天草四郎向谷秀全鄭重地鞠躬道：“天草見過秀全君�！惫刃闳汝悜谶�年輕，所以天草四郎稱他為君。
“天草君不必客氣，雖然我來自大明，但是大家同為教友更應該在困難的時候相互扶持�！惫刃闳鎺⑿Φ�。
王越派谷秀全來，一方面是讓他親自主抓扶持日本義軍的工作，另一個原因是惡搞，誰叫他的名字里有秀全二字呢？
聽到扶持二字，天草四郎面帶希翼地道：“這次貴方要向我們提供更多的武器嗎？我們現在已經有三十多萬兩白銀，但是需要大量的火槍和火炮�！�
幕府軍隊無論是兵力還是戰斗力都遠在義軍之上，天策軍提供的武器讓天草四郎看到了以少勝多的希望。
谷秀全點點頭道：“這次我們帶來了五千支火槍和十八門大炮，還有一萬柄戰刀和鋒利的長矛，以及大量的盔甲和糧食，完全可以將你的軍隊迅速武裝起來，打退幕府軍隊的進攻�！�
“真是太好了！太感謝秀全君的幫助了！”天草四郎高興的差點跳起來，這時他的表現才更像一個少年。
“但是本人有一些建議，希望天草君能夠接納�！惫刃闳值�。
“哦？請秀全君盡管說�！碧觳菟睦勺鱿炊牋畹�。
谷秀全緩緩道：“第一，盡快將現有的義軍重新編組，有戰斗力的組成正規軍，老弱婦孺讓他們做輔助和搞后勤�！�
“第二點，義軍要有明確的政治主張和口號，這樣會有更多的貧苦百姓響應和加入義軍，使義軍實力不斷增強�！�
“本人建議用薄賦稅、均貧富，凡天下田，天下人同耕，你們的起義就是要建立一個有田同耕，有飯同食，有衣同穿，有錢同使，無處不均勻，無處不保暖的理想社會。有了這樣的目標，義軍就不會盲目的不知奮斗的方向，他們一定會為達到這個目標奮不顧身，戰斗到底�！�
說著谷秀全拿出兩本書遞給天草四郎道：“這兩本書有詳細說明，希望能對天草君有所幫助。”
天草四郎如獲至寶，雙手接過這兩本書。他天資聰穎，當然聽懂了谷秀全的話，有信仰和沒有信仰的義軍，戰斗力肯定是不同的。
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